SAXSdb — 8e2x

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e2x
沉积日期 deposition_date	2022-08-16
结构标题 title	Purification of Enterovirus A71, strain 4643, WT capsid
关键词 keywords	enterovirus, thermostability, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.01 Å
零角强度 I(0) i0	135293000.00
分子量 molecular_weight	92685.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116130 Å³
包络体积 envelope_volume	142610 Å³
水化壳体积 shell_volume	40930 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.54 Å
包络 Rg envelope_rg	28.73 Å
形状 Rg shape_rg	27.99 Å
总 Rg total_rg	28.85 Å
总原子数 total_atoms	6531
残基数 n_residues	842
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.978

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	32792.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6531

GDRVADVIESSIGDSVSRALTRALPAPTGQDTQVSSHRLDTGKVPALQAAEIGASSNASDESMIETRCVLNSHSTAETTLDSFFSRAGLVGEIDLPLEGTTNPNGYANWDIDITGYAQMRRKVELFTYMRFDAEFTFVACTPTGQVVPQLLQYMFVPPGAPKPDSRESLAWQTATNPSVFVKLSDPPAQVSVPFMSPASAYQWFYDGYPTFGEHKQEKDLEYGACPNNMMGTFSVRTVGTSKSKYPLVIRIYMRMKHVRAWIPRPMRNQNYLFKANPNYAGNFIKPTGASRTAITTL

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus 71
通用名 common_name	EV71, EV-71
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39054
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	27726.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEACGYSDRVAQLTIGNSTITTQEAANIIVGYGEWPSYCSDSDATAVDKPTRPDVSVNRFYTLDTKLWEKSSKGWYWKFPDVLTETGVFGQNAQFHYLYRSGFCIHVQCNASKFHQGALLVAVLPEYVIGSVAGGTGTEDTHPPYKQTQPGADGFELQHPYVLDAGIPISQLTVCPHQWINLRTNNCATIIVPYINALPFDSALNHCNFGLLVVPISPLDYDQGATPVIPITITLAPMCSEFAGLRQAVTQ

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus 71
通用名 common_name	EV71, EV-71
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39054
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26441.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GFPTELKPGTNQFLTTDDGVSAPILPNFHPTPCIHIPGEVRNLLELCQVETILEVNNVPTNATSLMERLRFPVSAQAGKGELCAVFRADPGRSGPWQSTLLGQLCGYYTQWSGSLEVTFMFTGSFMATGKMLIAYTPPGGPLPKDRATAMLGTHVIWDFGLQSSVTLVIPWISNTHYRAHARDGVFDYYTTGLVSIWYQTNYVVPIGAPNTAYIIALAAAQKNFTMKLCKDASDILQTGTIQ

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus 71
通用名 common_name	EV71, EV-71
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39054
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	7501.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSQVSTQRSGSHENSNSATEGSTINYTTINYYKDSYAATAGKQSLKQDPDKFANPVKDIFTEMAAPLK

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus 71
通用名 common_name	EV71, EV-71
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39054
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8e2xB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	20699

fit	/app/data/saxs_computation/e2/8e2x/8e2x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/8e2x/8e2x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/8e2x/8e2x.dat

Purification of Enterovirus A71, strain 4643, WT capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)