8e3h

;Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 142.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e3h
沉积日期 deposition_date	2022-08-17
结构标题 title	;Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part ;
关键词 keywords	;factor-dependent termination, Rho, transcription termination, transcription elongation complex, helicase, ATPase, TRANSCRIPTION-RNA complex ;; TRANSCRIPTION/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.42 Å
零角强度 I(0) i0	1224660000.00
分子量 molecular_weight	286400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	357460 Å³
包络体积 envelope_volume	506930 Å³
水化壳体积 shell_volume	89629 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	53.61 Å
包络 Rg envelope_rg	44.21 Å
形状 Rg shape_rg	44.42 Å
总 Rg total_rg	44.78 Å
总原子数 total_atoms	20058
残基数 n_residues	2511
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1225000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	142100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA with 18 nt long spacer
分子量 formula_weight	11075.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	7
原子数 atom_count	20058

AUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAUUUGGUGAGAGG

Entity 2 polymer

描述 description	Transcription termination factor Rho
分子量 formula_weight	47070.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f,c,b,a,d

MNLTELKNTPVSELITLGENMGLENLARMRKQDIIFAILKQHAKSGEDIFGDGVLEILQDGFGFLRSADSSYLAGPDDIYVSPSQIRRFNLRTGDTISGKIRPPKEGERYFALLKVNEVNFDKPENARNKILFENLTPLHANSRLRMERGNGSTEDLTARVLDLASPIGRGQRGLIVAPPKAGKTMLLQNIAQSIAYNHPDCVLMVLLIDERPEEVTEMQRLVKGEVVASTFDEPASRHVQVAEMVIEKAKRLVEHKKDVIILLDSITRLARAYNTVVPASGKVLTGGVDANALHRPKRFFGAARNVEEGGSLTIIATALIDTGSKMDEVIYEEFKGTGNMELHLSRKIAEKRVFPAIDYNRSGTRKEELLTTQEELQKMWILRKIIHPMGEIDAMEFLINKLAMTKTNDDFFEMMKRS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (2)

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分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15936

fit	/app/data/saxs_computation/e3/8e3h/8e3h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/8e3h/8e3h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/8e3h/8e3h.dat

;Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)