8e4a

Pseudomonas LpxC in complex with LPC-233

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e4a
沉积日期 deposition_date	2022-08-17
结构标题 title	Pseudomonas LpxC in complex with LPC-233
关键词 keywords	LpxC, lipid A, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.60 Å
零角强度 I(0) i0	18706900.00
分子量 molecular_weight	33072.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41542 Å³
包络体积 envelope_volume	47896 Å³
水化壳体积 shell_volume	21047 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.43 Å
包络 Rg envelope_rg	18.91 Å
形状 Rg shape_rg	18.59 Å
总 Rg total_rg	19.59 Å
总原子数 total_atoms	2330
残基数 n_residues	299
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.162
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.402
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3988000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.971

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
分子量 formula_weight	33146.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.108
突变 mutation	C40S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2644

MIKQRTLKNIIRATGVGLHSGEKVYLTLKPAPVDTGIVFSRTDLDPVVEIPARAENVGETTMSTTLVKGDVKVDTVEHLLSAMAGLGIDNAYVELSASEVPIMDGSAGPFVFLIQSAGLQEQEAAKKFIRIKREVSVEEGDKRAVFVPFDGFKVSFEIDFDHPVFRGRTQQASVDFSSTSFVKEVSRARTFGFMRDIEYLRSQNLALGGSVENAIVVDENRVLNEDGLRYEDEFVKHKILDAIGDLYLLGNSLIGEFRGFKSGHALNNQLLRTLIADKDAWEVVTFEDARTAPISYMRP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(4-cyclopropylbuta-1,3-diyn-1-yl)-N-[(2S,3S)-4,4-difluoro-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]benzamide
分子量 formula_weight	376.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	271

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.970 Å
晶胞边长 b length_b	66.450 Å
晶胞边长 c length_c	63.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.034 Å
最低分辨率 resolution_low	46.040 Å
R 因子 r_factor	0.1733
R_work r_work	0.1716
R_free r_free	0.2048

fit	/app/data/saxs_computation/e4/8e4a/8e4a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e4/8e4a/8e4a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e4/8e4a/8e4a.dat

Pseudomonas LpxC in complex with LPC-233

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction