SAXSdb — 8e4g

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e4g
沉积日期 deposition_date	2022-08-18
结构标题 title	Remodeling of the bacteriophage T7 during initial infection
关键词 keywords	T7, tail machine, adsorption, genome ejection, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.35 Å
零角强度 I(0) i0	1466930000.00
分子量 molecular_weight	314810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	391800 Å³
包络体积 envelope_volume	617770 Å³
水化壳体积 shell_volume	83329 Å³
包络直径 envelope_diameter	324.7 Å
壳层 Rg shell_rg	53.78 Å
包络 Rg envelope_rg	76.38 Å
形状 Rg shape_rg	76.27 Å
总 Rg total_rg	76.06 Å
总原子数 total_atoms	43911
残基数 n_residues	2809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	229.5 Å
Rg (实空间) rg_real	72.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	70.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1451000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8228
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.597
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0489
最高正则化参数 α highest_alpha	39250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.777; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.387

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	55414.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r,u
原子数 atom_count	43911

MAEKRTGLAEDGAKSVYERLKNDRAPYETRAQNCAQYTIPSLFPKDSDNASTDYQTPWQAVGARGLNNLASKLMLALFPMQTWMRLTISEYEAKQLLSDPDGLAKVDEGLSMVERIIMNYIESNSYRVTLFEALKQLVVAGNVLLYLPEPEGSNYNPMKLYRLSSYVVQRDAFGNVLQMVTRDQIAFGALPEDIRKAVEGQGGEKKADETIDVYTHIYLDEDSGEYLRYEEVEGMEVQGSDGTYPKEACPYIPIRMVRLDGESYGRSYIEEYLGDLRSLENLQEAIVKMSMISSKVIGLVNPAGITQPRRLTKAQTGDFVTGRPEDISFLQLEKQADFTVAKAVSDAIEARLSFAFMLNSAVQRTGERVTAEEIRYVASELEDTLGGVYSILSQELQLPLVRVLLKQLQATQQIPELPKEAVEPTISTGLEAIGRGQDLDKLERCVTAWAALAPMRDDPDINLAMIKLRIANAIGIDTSGILLTEEQKQQKMAQQS

Entity 2 polymer

描述 description	Tail tubular protein gp11
分子量 formula_weight	22307.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,5

MRSYDMNVETAAELSAVNDILASIGEPPVSTLEGDANADAANARRILNKINRQIQSRGWTFNIEEGITLLPDVYSNLIVYSDDYLSLMSTSGQSIYVNRGGYVYDRTSQSDRFDSGITVNIIRLRDYDEMPECFRYWIVTKASRQFNNRFFGAPEVEGVLQEEEDEARRLCMEYEMDYGGYNMLDGDAFTSGLLTR

Entity 3 polymer

描述 description	Tail fiber protein
分子量 formula_weight	18604.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Y,g

MANVIKTVLTYQLDGSNRDFNIPFEYLARKFVVVTLIGVDRKVLTINTDYRFATRTTISLTKAWGPADGYTTIELRRVTSTTDRLVDFTDGSILRAYDLNVAQIQTMHVAEEARDLTTDTIGVNNDGHLDARGRRIVNLANAVDDRDAVPFGQLKTMNQNSWQAR

Entity 4 polymer

描述 description	Tail tubular protein gp12
分子量 formula_weight	89563.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MALISQSIKNLKGGISQQPDILRYPDQGSRQVNGWSSETEGLQKRPPLVFLNTLGDNGALGQAPYIHLINRDEHEQYYAVFTGSGIRVFDLSGNEKQVRYPNGSNYIKTANPRNDLRMVTVADYTFIVNRNVVAQKNTKSVNLPNYNPNQDGLINVRGGQYGRELIVHINGKDVAKYKIPDGSQPEHVNNTDAQWLAEELAKQMRTNLSDWTVNVGQGFIHVTAPSGQQIDSFTTKDGYADQLINPVTHYAQSFSKLPPNAPNGYMVKIVGDASKSADQYYVRYDAERKVWTETLGWNTEDQVLWETMPHALVRAADGNFDFKWLEWSPKSWGDVDTNPWPSFVGSSINDVFFFRNRLGFLSGENIILSRTAKYFNFYPASIANLSDDDPIDVAVSTNRIAILKYAVPFSEELLIWSDEAQFVLTASGTLTSKSVELNLTTQFDVQDRARPFGIGRNVYFASPRSSFTSIHRYYAVQDVSSVKNAEDITSHVPNYIPNGVFSICGSGTENFCSVLSHGDPSKIFMYKFLYLNEELRQQSWSHWDFGENVQVLACQSISSDMYVILRNEFNTFLARISFTKNAIDLQGEPYRAFMDMKIRYTIPSGTYNDDTFTTSIHIPTIYGANFGRGKITVLEPDGKITVFEQPTAGWNSDPWLRLSGNLEGRMVYIGFNINFVYEFSKFLIKQTADDGSTSTEDIGRLQLRRAWVNYENSGTFDIYVENQSSNWKYTMAGARLGSNTLRAGRLNLGTGQYRFPVVGNAKFNTVYILSDETTPLNIIGCGWEGNYLRRSSGI

Entity 5 polymer

描述 description	Internal virion protein gp14
分子量 formula_weight	14016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

GQNAQAKMIAAQTAAGRRQAMEIMRQTNIQNADLSLQARSKLEEASAELTSQNMQKVQAIGSIRAAIGESMLEGSSMDRIKRVTEGQFIREANMVTENYRRDYQAIFAQQLGGTQSAASQIDEIYKS

Entity 6 polymer

描述 description	Internal virion protein gp15
分子量 formula_weight	5659.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

MSKIESALQAAQPGLSRLRGGAGGMGYRAATTQAEQPRSSLLDTIGRFAKAGADM

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	29784

fit	/app/data/saxs_computation/e4/8e4g/8e4g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e4/8e4g/8e4g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e4/8e4g/8e4g.dat

Remodeling of the bacteriophage T7 during initial infection

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)