8e4s

The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023034

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e4s
沉积日期 deposition_date	2022-08-18
结构标题 title	The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023034
关键词 keywords	NUCLEASE, INFLUENZA, INHIBITOR RESISTANCE, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.04 Å
零角强度 I(0) i0	9275150.00
分子量 molecular_weight	21693.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26735 Å³
包络体积 envelope_volume	30635 Å³
水化壳体积 shell_volume	15961 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.10 Å
包络 Rg envelope_rg	16.19 Å
形状 Rg shape_rg	16.04 Å
总 Rg total_rg	17.04 Å
总原子数 total_atoms	1517
残基数 n_residues	180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6800e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9275000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2609000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	23136.3 kDa
突变 mutation	I38T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1533

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAATCTHLEVCFMYSDGGSKHRFEIIEGRDRIMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRSLWDSFRQSER

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Luxembourg/43/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	655278
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-hydroxy-6-oxo-N-[2-(pyridin-4-yl)ethyl]-2-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-3,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	418.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	Hexa Vinylpyrrolidone K15
分子量 formula_weight	668.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	90.085 Å
晶胞边长 b length_b	90.085 Å
晶胞边长 c length_c	135.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.370 Å
R 因子 r_factor	0.2201
R_work r_work	0.2181
R_free r_free	0.2598

fit	/app/data/saxs_computation/e4/8e4s/8e4s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e4/8e4s/8e4s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e4/8e4s/8e4s.dat