8e51

Crystal Structure of Iridescent Shark Catfish Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e51
沉积日期 deposition_date	2022-08-19
结构标题 title	Crystal Structure of Iridescent Shark Catfish Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2
关键词 keywords	HEARING, DEAFNESS, CDH23, PCDH15, EVOLUTION, TIP LINK, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.70 Å
零角强度 I(0) i0	40648100.00
分子量 molecular_weight	49851.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62172 Å³
包络体积 envelope_volume	81656 Å³
水化壳体积 shell_volume	23986 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.51 Å
包络 Rg envelope_rg	34.26 Å
形状 Rg shape_rg	33.64 Å
总 Rg total_rg	33.87 Å
总原子数 total_atoms	3494
残基数 n_residues	444
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7116
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.786
峰度 Kurtosis kurtosis	0.185
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3835000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.400; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.190; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protocadherin-15
分子量 formula_weight	28839.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3525

MSSKSQDSDDWQYEECKLSRTGPPATIVAIDEESPNGTVLVENMQINGRAEDPHRTISLSLRDNYGHWVILDPVKQRLYLNSTGRVLDRDPPSYIHSIVVQVQCTNELVGTVILHEVRIVVRDRNDNPPRFQQPRYYVAINELTPVGTTIFSGFSGNNGAVDIDDGPNGQIEYTIQYNPYDPTANRTFDIPLTLSGSVVLRERLNYEEITRYLVIIQANDRAPDPKERLTATTTLTVDVLDGDDLGPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pangasianodon hypophthalmus
通用名 common_name	striped catfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	310915
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cadherin-23
分子量 formula_weight	24204.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFNQPPRFQNYFFQSYLLIYENTPVGSSITQLTAVDPDGEPLIFGVVGEEASRFFAVQENTGVVWLRQPLDRETKSEMQVVFSVSDSQGVVKDTVNIQIGDVNDNAPTFHNQPYTVNIPEDTSVGTSIFMVNATDPDQGTGGSVLFSFQPPSPFFSIDGARGIITVSRLLDYEVTSAYQLTVNATDQDKLHPLSSLANLAITLSDIQDRDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pangasianodon hypophthalmus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	310915
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8e51C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3430 —

结构域编号 domain_id	8e51C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Cadherins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.816 Å
晶胞边长 b length_b	75.816 Å
晶胞边长 c length_c	242.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.594 Å
最低分辨率 resolution_low	44.599 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2019
R_free r_free	0.2424

fit	/app/data/saxs_computation/e5/8e51/8e51.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/8e51/8e51.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/8e51/8e51.dat

Crystal Structure of Iridescent Shark Catfish Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)