8e5h

Old Yellow Enzyme 5 (PcOYE5) from Pseudomonas chloritidismutans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e5h
沉积日期 deposition_date	2022-08-22
结构标题 title	Old Yellow Enzyme 5 (PcOYE5) from Pseudomonas chloritidismutans
关键词 keywords	Old Yellow Enzyme, Oxidoreductase, Ene Reductase, TIM Barrel, Flavoprotein; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.97 Å
零角强度 I(0) i0	28710200.00
分子量 molecular_weight	39650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48890 Å³
包络体积 envelope_volume	54481 Å³
水化壳体积 shell_volume	23033 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.32 Å
包络 Rg envelope_rg	19.21 Å
形状 Rg shape_rg	18.97 Å
总 Rg total_rg	19.85 Å
总原子数 total_atoms	5447
残基数 n_residues	368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8251
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6724000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	NADH:flavin oxidoreductase
分子量 formula_weight	39589.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6191

MSQLLEPCSLKHLKLRNRAAVAPMTRVSAEAEGAANELMRDYYASFAKGGFGMVISEGIYTDTAYSQGYFNQPGLATEAHRDSWRLIVDAVHDAGAAFVAQLMHGGAQTQGNIHHARHVAPSAVQPGGSQLTFYGGEGPYATPAQISEDEIQEAIAGFAQAARHAREAGFDGVELHGANGYLLHEFISAEFNRRDDHWGGDYLGRLRLPLAVIAAVRAAVGNDFVVGMRLSQSMVSDSQLKWEGGVDEARQRFRALADAGLDYLHVTEPDAAAPAFGDGPSFAAIAKGSVSIPVIGNGGIVTGEQAEKLLTQGDMDLVAVGKAALANNDWPQRIAQGLPLNEFDGTMFVPMATITNELAWRNANGRSALGSS

来源 Source

来源生物 organism	Stutzerimonas chloritidismutans AW-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1263865
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL
分子量 formula_weight	458.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	463

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.417 Å
晶胞边长 b length_b	70.090 Å
晶胞边长 c length_c	97.877 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.270 Å
最低分辨率 resolution_low	48.940 Å
R 因子 r_factor	0.1366
R_work r_work	0.1356
R_free r_free	0.1563

fit	/app/data/saxs_computation/e5/8e5h/8e5h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/8e5h/8e5h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/8e5h/8e5h.dat

Old Yellow Enzyme 5 (PcOYE5) from Pseudomonas chloritidismutans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction