8e5m

Structure of ARG1 complex with pyrrolidine-based non-boronic acid inhibitor 6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e5m
沉积日期 deposition_date	2022-08-22
结构标题 title	Structure of ARG1 complex with pyrrolidine-based non-boronic acid inhibitor 6
关键词 keywords	Arginase, hydrolase, urea cycle, metabolism, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.47 Å
零角强度 I(0) i0	594673000.00
分子量 molecular_weight	209160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264660 Å³
包络体积 envelope_volume	339090 Å³
水化壳体积 shell_volume	59772 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.33 Å
包络 Rg envelope_rg	47.64 Å
形状 Rg shape_rg	48.49 Å
总 Rg total_rg	48.47 Å
总原子数 total_atoms	14706
残基数 n_residues	1902
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.4 Å
Rg (实空间) rg_real	48.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	594400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8379
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.654
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	37310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.621

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Arginase-1
分子量 formula_weight	34779.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15832

MSAKSRTIGIIGAPFSKGQPRGGVEEGPTVLRKAGLLEKLKEQECDVKDYGDLPFADIPNDSPFQIVKNPRSVGKASEQLAGKVAEVKKNGRISLVLGGDHSLAIGSISGHARVHPDLGVIWVDAHTDINTPLTTTSGNLHGQPVSFLLKELKGKIPDVPGFSWVTPCISAKDIVYIGLRDVDPGEHYILKTLGIKYFSMTEVDRLGIGKVMEETLSYLLGRKKRPIHLSFDVDGLDPSFTPATGTPVVGGLTYREGLYITEEIYKTGLLSGLDIMEVNPSLGKTPEEVTRTVNTAVAITLACFGLAREGNHKPIDYLNPPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	;1-{[(3S,4S)-3-({4-[2-(4-fluorobenzene-1-sulfonyl)ethyl]piperidin-1-yl}methyl)-4-(3-fluorophenyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}cyclopentane-1-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	574.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1126

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.470 Å
晶胞边长 b length_b	286.100 Å
晶胞边长 c length_c	67.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	71.520 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/e5/8e5m/8e5m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/8e5m/8e5m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/8e5m/8e5m.dat

Structure of ARG1 complex with pyrrolidine-based non-boronic acid inhibitor 6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction