8e66

ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e66
沉积日期 deposition_date	2022-08-22
结构标题 title	ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAA
关键词 keywords	ETS, complex, winged-helix-turn-helix, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.16 Å
零角强度 I(0) i0	46351100.00
分子量 molecular_weight	41261.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46562 Å³
包络体积 envelope_volume	61904 Å³
水化壳体积 shell_volume	22139 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.10 Å
包络 Rg envelope_rg	25.14 Å
形状 Rg shape_rg	24.99 Å
总 Rg total_rg	26.00 Å
总原子数 total_atoms	2831
残基数 n_residues	244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8000
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.489
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3495000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.491; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	GGAA-containing 15 bp DNA
分子量 formula_weight	4692.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	2936

AAAGCCGGAAGTGAG

Entity 2 polymer

描述 description	Complementary 15 bp strand
分子量 formula_weight	4486.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

TCTCACTTCCGGCTT

Entity 3 polymer

描述 description	Transcription factor ETV6
分子量 formula_weight	12180.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

GSMGRIADSRLLWDYVYQLLSDSRYENFIRWEDKESKIFRIVDPNGLARLWGNHKNRTNMTYEKMSRALRYYYKLNIIRKEPGQRLLFRFMKTPDEIMSG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	29.841 Å
晶胞边长 b length_b	94.685 Å
晶胞边长 c length_c	76.259 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	25.920 Å
R 因子 r_factor	0.2203
R_work r_work	0.2165
R_free r_free	0.2547

fit	/app/data/saxs_computation/e6/8e66/8e66.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e6/8e66/8e66.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e6/8e66/8e66.dat

ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)