8e67

ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e67
沉积日期 deposition_date	2022-08-22
结构标题 title	ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT
关键词 keywords	ETS, complex, winged-helix-turn-helix, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.31 Å
零角强度 I(0) i0	174121000.00
分子量 molecular_weight	81891.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92527 Å³
包络体积 envelope_volume	128120 Å³
水化壳体积 shell_volume	36765 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.22 Å
包络 Rg envelope_rg	29.11 Å
形状 Rg shape_rg	29.19 Å
总 Rg total_rg	30.10 Å
总原子数 total_atoms	5623
残基数 n_residues	493
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9076
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	GGAT-containing 15 bp DNA
分子量 formula_weight	4683.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D,G,J
原子数 atom_count	5655

AAAGCCGGATGTGAG

Entity 2 polymer

描述 description	Complementary 15 bp strand
分子量 formula_weight	4495.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E,H,K

TCTCACATCCGGCTT

Entity 3 polymer

描述 description	Transcription factor ETV6
分子量 formula_weight	12337.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,I,L

GSMGRIADSRLLWDYVYQLLSDSRYENFIRWEDKESKIFRIVDPNGLARLWGNHKNRTNMTYEKMSRALRYYYKLNIIRKEPGQRLLFRFMKTPDEIMSGR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.940 Å
晶胞边长 b length_b	74.350 Å
晶胞边长 c length_c	76.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.200 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2113
R_free r_free	0.2667

fit	/app/data/saxs_computation/e6/8e67/8e67.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e6/8e67/8e67.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e6/8e67/8e67.dat

ETV6 H396Y variant bound to DNA containing the sequence GGAT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)