8e68

Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a p-fluorodimethyl oxybenzene inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8e68

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8e68
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8e68
沉积日期 deposition_date2022-08-22
结构标题 titleCrystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a p-fluorodimethyl oxybenzene inhibitor
关键词 keywordsHYDROLASE, Viral Protein-Inhibitor complex; HYDROLASE, Viral Protein/Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.61
零角强度 I(0) i069997000.00
分子量 molecular_weight65164.0 kDa
排除体积 excluded_volume81398 ų
包络体积 envelope_volume96786 ų
水化壳体积 shell_volume31377 ų
包络直径 envelope_diameter86.0
壳层 Rg shell_rg33.04
包络 Rg envelope_rg25.61
形状 Rg shape_rg25.60
总 Rg total_rg26.44
总原子数 total_atoms4568
残基数 n_residues598
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.4
Rg (实空间) rg_real26.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real7.0000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9076
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.0
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.612
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha42200000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.965

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id8e68A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1840 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3
结构域编号 domain_id8e68B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1840 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — main proteinase (3clpro) structure, domain 3

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)