SAXSdb — 8e8z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e8z
沉积日期 deposition_date	2022-08-26
结构标题 title	9H2 Fab-Sabin poliovirus 1 complex
关键词 keywords	Complex, Fab, poliovirus, neutralizing, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.23 Å
零角强度 I(0) i0	217753000.00
分子量 molecular_weight	117890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147270 Å³
包络体积 envelope_volume	189520 Å³
水化壳体积 shell_volume	47783 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.15 Å
包络 Rg envelope_rg	32.47 Å
形状 Rg shape_rg	32.20 Å
总 Rg total_rg	32.96 Å
总原子数 total_atoms	8300
残基数 n_residues	1064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	217800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.244
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.494
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.853

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	31317.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	8300

TSRDALPNTEASGPAHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVAIITVDNSASTKNKDKLFTVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	29175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDDNQTSPARRFCPVDYLFGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26281.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSAKKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLMRDTTHIEQKA

Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7409.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTSPMLN

Entity 5 polymer

描述 description	9H2 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13878.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

LVQSGAELKKPGASVKFSCQASGFTFTTYDIHWVRQAPGQGLEWMGMISPSRDSTIYAQKFQGRVTMTSDTSTSTVYMELTSLRSEDTALYYCATASRPSAWVFRSLYTYYYMDVWGTGTTVTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	9H2 Fab light chain
分子量 formula_weight	11610.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SALTQPASVSGSPGQSITISCTGTITDIGYYNYVSWYQQHPGKAPKLIIFDVTNRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEGDYYCFSHRSNNIRVFGGGTKLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8e8z101
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8e8z201
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8e8zL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	99462

fit	/app/data/saxs_computation/e8/8e8z/8e8z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e8/8e8z/8e8z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e8/8e8z/8e8z.dat

9H2 Fab-Sabin poliovirus 1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)