8eb3

Crystal structure of glutamate racemase from Helicobacter pylori in complex with a fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eb3
沉积日期 deposition_date	2022-08-30
结构标题 title	Crystal structure of glutamate racemase from Helicobacter pylori in complex with a fragment
关键词 keywords	glutamate racemase, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.02 Å
零角强度 I(0) i0	45484900.00
分子量 molecular_weight	55655.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71083 Å³
包络体积 envelope_volume	81776 Å³
水化壳体积 shell_volume	28243 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.53 Å
包络 Rg envelope_rg	24.33 Å
形状 Rg shape_rg	24.03 Å
总 Rg total_rg	24.92 Å
总原子数 total_atoms	7776
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8954
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.346
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate racemase
分子量 formula_weight	29068.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7922

PRGSHMKIGVFDSGVGGFSVLKSLLKAQIFDKIIYYGDSARVPYGTKDPTTIKQFGLEALDFFKPHKIELLIVACNTASALALEEMQKHSKIPIVGVIEPSILAIKQQVKDKNAPILVLGTKATIQSNAYDNALKQQGYLNVSHLATSLFVPLIEENILEGELLETCMRYYFTPLEILPEVVILGCTHFPLIAQKIEGYFMEHFALSTPPLLIHSGDAIVEYLQQKYTLKKNACTFPKVEFHASGDVVWLEKQAKEWLKL

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-[4-methyl-2-(pyridin-4-yl)-1,3-thiazol-5-yl]methanamine
分子量 formula_weight	205.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	D-GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.002 Å
晶胞边长 b length_b	95.985 Å
晶胞边长 c length_c	57.074 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	47.990 Å
R 因子 r_factor	0.2163
R_work r_work	0.2143
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/eb/8eb3/8eb3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eb/8eb3/8eb3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eb/8eb3/8eb3.dat