SAXSdb — 8ebp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ebp
沉积日期 deposition_date	2022-08-31
结构标题 title	HMPV F dimer bound to RSV-199 Fab
关键词 keywords	Human antibody, RSV and MPV fusion protein, complex cryo-EM structure, Biosynthetic protein, viral protein and antiviral protein; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.78 Å
零角强度 I(0) i0	540094000.00
分子量 molecular_weight	188470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	234980 Å³
包络体积 envelope_volume	359300 Å³
水化壳体积 shell_volume	62931 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.39 Å
包络 Rg envelope_rg	55.52 Å
形状 Rg shape_rg	54.78 Å
总 Rg total_rg	54.47 Å
总原子数 total_atoms	13230
残基数 n_residues	1726
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	206.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	538900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7460
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	56.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.849
峰度 Kurtosis kurtosis	0.601
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.464; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.731; Smooth: 0.571

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	47513.3 kDa
突变 mutation	Q100R, S101R, A113C, D185P, A339C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13230

LKESYLEESCSTITEGYLSVLRTGWYTNVFTLEVGDVENLTCADGPSLIKTELDLTKSALRELRTVSADQLAREEQIENPRRRRFVLGAIALGVCTAAAVTAGVAIAKTIRLESEVTAIKNALKKTNEAVSTLGNGVRVLATAVRELKDFVSKNLTRAINKNKCDIPDLKMAVSFSQFNRRFLNVVRQFSDNAGITPAISLDLMTDAELARAVSNMPTSAGQIKLMLENRAMVRRKGFGILIGVYGSSVIYMVQLPIFGVIDTPCWIVKAAPSCSEKKGNYACLLREDQGWYCQNAGSTVYYPNEKDCETRGDHVFCDTACGINVAEQSKECNINISTTNYPCKVSTGRHPISMVALSPLGALVACYKGVSCSIGSNRVGIIKQLNKGCSYITNQDADTVTIDNTVYQLSKVEGEQHVIKGRPVSSSFDPVKFPE

来源 Source

来源生物 organism	Human metapneumovirus A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3037664
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RSV-199 light chain protein
分子量 formula_weight	22819.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

QAVVTQPPSVSGAPGQRVIISCTGSGSNLGADYGVHWYQQLPGTAPKLLIYGDRNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDRSLNWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVNAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPAECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RSV-199 heavy chain protein
分子量 formula_weight	24022.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVQLVESGGGVVKPGGSLRVSCVVSGFTFSSYRMHWVRQAPGKGLEWVSSITASSSYINYAESVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDENTGISHYWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8ebpH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ebpM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.38 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	563257

fit	/app/data/saxs_computation/eb/8ebp/8ebp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eb/8ebp/8ebp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eb/8ebp/8ebp.dat

HMPV F dimer bound to RSV-199 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)