8ecy

cryoEM structure of bovine bestrophin-2 and glutamine synthetase complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 186.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ecy
沉积日期 deposition_date	2022-09-02
结构标题 title	cryoEM structure of bovine bestrophin-2 and glutamine synthetase complex
关键词 keywords	ion channel, transport, anion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.13 Å
零角强度 I(0) i0	5672560000.00
分子量 molecular_weight	632450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	788520 Å³
包络体积 envelope_volume	1035600 Å³
水化壳体积 shell_volume	143680 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.5 Å
壳层 Rg shell_rg	63.15 Å
包络 Rg envelope_rg	58.74 Å
形状 Rg shape_rg	59.15 Å
总 Rg total_rg	59.14 Å
总原子数 total_atoms	44461
残基数 n_residues	5540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.3 Å
Rg (实空间) rg_real	58.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2100e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5670000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8340
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.541
峰度 Kurtosis kurtosis	0.051
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	521500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.344

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bestrophin
分子量 formula_weight	47424.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,G,K,N
原子数 atom_count	46485

MTVTYTARVAKARFGGFSKLLLLWRGSIYKLLWRELLCFLGLFMALSAAYRFVLTEEQKRYFEKLVLYCDRYASLIPVSFVLGFYVTLVVHRWWNQYLSMPLTDALMCVVVGTVHGHDERGRLYRRTLMRYAGLSGVLILRSVSTAVFKRFPTIDHVVEAGFMTREERKKFENLNSSYNKYWVPCVWFCNLAAQARREGRIRDNGAFKLLLEELNVFRSKCGMLFHYDWISVPLVYTQVVTIAVYSYFLACLIGRQFLDPAQGYKDHDLDLCVPIFTLLQFFFYAGWLKVAEQLINPFGEDDDDFETNFLIDRCFQVSMLAVDEMYDDLAMLEKDLYWDAAEARAPYTAATAFLMQQPSFQGSTFDITLAKEDMQFQRQDGLEAPLNEAHGDFLQRLLPVGTGMGTGGLL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	42085.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2,2.3.1.225
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,J,L,Q,H,D,B,F,I,M

MATSASSHLNKGIKQVYMALPQGDKVQAMYIWIDGTGEGLRCKTRTLDSEPKCIEELPEWNFDGSSTFQSEGSNSDMYLVPAAMFRDPFRKDPNKLVFCEVFKYNRKPAETNLRHTCKRIMDMVSNQRPWFGMEQEYTLMGTDGHPFGWPSNGFPGPQGPYYCGVGADKAYGRDIVEAHYRACLYAGIKIGGTNAEVMPAQWEFQIGPCEGIDMGDHLWVARFILHRVCEDFGVIATFDPKPIPGNWNGAGCHTNFSTKAMREENGLKYIEEAIEKLSKRHQYHIRAYDPKGGLDNARRLTGFHETSNINDFSAGVANRGASIRIPRTVGQEKKGYFEDRRPSANCDPFAVTEALIRTCLLNETGDEPFQYKN

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2024

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	25618

fit	/app/data/saxs_computation/ec/8ecy/8ecy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/8ecy/8ecy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/8ecy/8ecy.dat

cryoEM structure of bovine bestrophin-2 and glutamine synthetase complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)