8edg

Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-ends of its DNA transposon

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 185.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8edg
沉积日期 deposition_date	2022-09-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-ends of its DNA transposon
关键词 keywords	transposase, transpososome, BED domain, protein-DNA complex, RECOMBINATION, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.50 Å
零角强度 I(0) i0	1987170000.00
分子量 molecular_weight	336650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	405170 Å³
包络体积 envelope_volume	713230 Å³
水化壳体积 shell_volume	93060 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.4 Å
壳层 Rg shell_rg	67.05 Å
包络 Rg envelope_rg	60.65 Å
形状 Rg shape_rg	64.57 Å
总 Rg total_rg	64.33 Å
总原子数 total_atoms	23358
残基数 n_residues	2564
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.5 Å
Rg (实空间) rg_real	63.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1986000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8449
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.712
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPGPTPGPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2162.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,P
原子数 atom_count	23358

GCGTGAA

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (46-MER)
分子量 formula_weight	14173.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,Q

AGAGAACAACAACAAGTGGCTTATTTTGATACTTATGCGCCACTTG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (55-MER)
分子量 formula_weight	16931.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O,R

CAAGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCACTTGTTGTTGTTCTCTGGTTCACGC

Entity 4 polymer

描述 description	Hermes transposase
分子量 formula_weight	70210.6 kDa
突变 mutation	Q2E,K128G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,I,E,G,K

MEKMDNLEVKAKINQGLYKITPRHKGTSFIWNVLADIQKEDDTLVEGWVFCRKCEKVLKYTTRQTSNLCRHKCCASLKQSRELKTVSADCKKEAIEKCAQWVVRDCRPFSAVSGSGFIDMIKFFIKVGAEYGEHVNVEELLPSPITLSRKVTSDAKEKKALISREIKSAVEKDGASATIDLWTDNYIKRNFLGVTLHYHENNELRDLILGLKSLDFERSTAENIYKKLKAIFSQFNVEDLSSIKFVTDRGANVVKSLANNIRINCSSHLLSNVLENSFEETPELNMPILACKNIVKYFKKANLQHRLRSSLKSECPTRWNSTYTMLRSILDNWESVIQILSEAGETQRIVHINKSIIQTMVNILDGFERIFKELQTCSSPSLCFVVPSILKVKEICSPDVGDVADIAKLKVNIIKNVRIIWEENLSIWHYTAFFFYPPALHMQQEKVAQIKEFCLSKMEDLELINRMSSFNELSATQLNQSDSNSHNSIDLTSHSKDISTTSFFFPQLTQNNSREPPVCPSDEFEFYRKEIVILSEDFKVMEWWNLNSKKYPKLSKLALSLLSIPASSAASERTFSLAGNIITEKRNRIGQQTVDSLLFLNSFYKNFCKLDI

来源 Source

来源生物 organism	Musca domestica
通用名 common_name	house fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7370
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	143400

fit	/app/data/saxs_computation/ed/8edg/8edg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ed/8edg/8edg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ed/8edg/8edg.dat

Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two left-ends of its DNA transposon

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)