SAXSdb — 8edj

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8edj
沉积日期 deposition_date	2022-09-04
结构标题 title	Crystal structure of rA3G-ssRNA-GA
关键词 keywords	Deaminase, APOBEC, HYDROLASE, HYDROLASE-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.57 Å
零角强度 I(0) i0	38050000.00
分子量 molecular_weight	46084.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56893 Å³
包络体积 envelope_volume	69661 Å³
水化壳体积 shell_volume	24854 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.34 Å
包络 Rg envelope_rg	23.69 Å
形状 Rg shape_rg	23.57 Å
总 Rg total_rg	24.35 Å
总原子数 total_atoms	3236
残基数 n_residues	379
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8925
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8036000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
分子量 formula_weight	45144.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3566

GPGGSGGMKPQIRNMVEPMDPRTFVSNFNNRPILSGLDTVWLCCEVKTKDPSGPPLDAKIFQGKVYPKAKYHPEMRFLRWFHKWRQLHHDQEYKVTWYVSWSPCTRCANSVATFLAKDPKVTLTIFVARLYYFWKPDYQQALRILAEAGATMKIMNYNEFQDCWNKFVDGRGKPFKPWNNLPKHYTLLQATLGELLRHLMDPGTFTSNFNNKPWVSGQHETYLCYKVERLHNDTWVPLNQHRGFLRNQAPNIHGFPKGRHAALCFLDLIPFWKLDGQQYRVTCFTSWSPCFSCAQEMAKFISNNEHVSLCIFAARIYDDQGRYQEGLRTLHRDGAKIAMMNYSEFEYCWDTFVDRQGRPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPGPAPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3078.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UUUUGAUUUU

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	330

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8edjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	8edjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.305 Å
晶胞边长 b length_b	68.058 Å
晶胞边长 c length_c	129.312 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	42.027 Å
R 因子 r_factor	0.1689
R_work r_work	0.1681
R_free r_free	0.1921

fit	/app/data/saxs_computation/ed/8edj/8edj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ed/8edj/8edj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ed/8edj/8edj.dat

Crystal structure of rA3G-ssRNA-GA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)