SAXSdb — 8egr

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8egr
沉积日期 deposition_date	2022-09-13
结构标题 title	Upper tail structure of Staphylococcus phage Andhra
关键词 keywords	phage tail, portal, receptor-binding protein, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.21 Å
零角强度 I(0) i0	5571560000.00
分子量 molecular_weight	603500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	743130 Å³
包络体积 envelope_volume	1184700 Å³
水化壳体积 shell_volume	137760 Å³
包络直径 envelope_diameter	301.0 Å
壳层 Rg shell_rg	67.16 Å
包络 Rg envelope_rg	78.83 Å
形状 Rg shape_rg	76.21 Å
总 Rg total_rg	76.09 Å
总原子数 total_atoms	42467
残基数 n_residues	5351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.6 Å
Rg (实空间) rg_real	74.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1720e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5528000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8131
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.596
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0717
最高正则化参数 α highest_alpha	236900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.094

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	gp15, receptor-binding protein, tail fiber
分子量 formula_weight	67393.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	42467

MYINNGRINYNNEYGYRRGIYREPFYSDNADYNTNSKSYYDYLARFNGFIFELCDFVNGLADDIQKMKDTYEALTLSNTDVTYTVGQKGDFDTLNHCFEHIEDLIVQPKSIRVILLKDYMMREQLFLRDKRYNHITITSENDIVEAYETELNRQVEIKTNPIFRVKPLFYGINSTFPKIDFKLQNKDFSDTINCGFLMDNTTFEMTERGGSTHFNFIGLCGVNGSHIQTNYCDFSYNGNREQLEEYNKDQNMYGDGLRIFNSSLTGNYMTVNRCGEIGIHFSHGASGYIDFTEARFNGHHGLMVTTGSQASARNCKITDTIDDNVVSYASSDIDLRSSDCSNSQTTYGVIATRSSNINFDKGIANGCGASGIMANRGCSIDATGATASRNKWHGVIASNNSKVDFTSGNANENGLDGIQCTHGSTVQARLSTTNGNKRNGVLAYAGDVYCQEINCDGNGRRGLEATRGGYVAAYGAKVSRSKDDNVLAYGSMISINEALIERAGRNGIEATRGGQIFADRITITGSGDFGILAYASKVFAEASNISGTKNEPVYATRGGEVTCFGSNISSNKTVYNVYNGSRIFTDKDHGYSTNVDPQTLSSKGLIILG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

Entity 2 polymer

描述 description	Upper collar protein
分子量 formula_weight	39219.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MSYLDNDYIGKNKDVGLKVELTEDIDRRIMEHRNRFRRLIFNRYVEFLPLLINYTNQNSVGIDFLQLEIALRQGYQVVVGKARNGVIMILGYIQSMYYKNSNDFINNFNLTFNKRLTQDDITFIIPDYLRPDYALEIEYYDNCQSGDFIVLRNKPVNLNNDYQIIEHYCDELAEIILSRFSLIMQSKFSKIFLSDIQDETINQFINKLYNGAPFIKTDKYIDPEEDIIDLGSDFVTTALVEMKREYQNKVSELSNFLGVNSLAVDKESGVSDTEAKSNRSFTTSNSNIYLRGRNPFEMLNRRFNLDIHPYYDDEAISEMDIMNLKTDNFGGGKVE

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

Entity 3 polymer

描述 description	gp16, tail stem protein
分子量 formula_weight	33070.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I

LSKHTTTLYEIIESELQRLGLNEFVNNDRIHFNDSKHAFMQKMLYFDDDVKQIVDHMFFKGFMFNDERIDRYFKESFTLRFLYREIGRQTVESFASQVLYITMTHEDYIYRVYGSDMYKYIEQVTDTQSQDLGKAIENAIEQGQTKDRQQDKGHEEYKDYEDTITKSFDDNRTAESTLPQSKVNIDVDNTVLDYADTNTISRDKNTSETVSEKTGTKDNTFDSLRNGESDTKRNTQSQNEMNRTGLTKQYLIDNLQKLYSMRDTIFKTYDKECFLHIW

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

Entity 4 polymer

描述 description	SGNH_hydro domain-containing protein
分子量 formula_weight	46951.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

LIIKHQMKLHLNELVDWAWRNGVTSEKFHSNNGSYVIFDHSAVVETYIINKNDLFNVTEEIEITLDKPIDYFLEKDMYGNYREHFGIAINDLLFLNTTVNIWLVNDDNSHILIYKDGKLIDEYMYHQFEYEANQNKHIYPNNKASGTYPHKTEQDVTPPKKQPDTKPLPPEEHTPKVRTIKTLNGTVMKDYTPVSSIQYVKSVGIIGDSVGKGAHASYNFGDYINEKTGAKIQNLSVSSATMSEVKDNNILNQAKQLKDNELVIIQGTDDDWLFNSNAGVEVGNKITDTKTYIGAFYKVVETVKENNPKAKIVVITPTKQAKIDDTGKVIRRDTDKNKKGYTLKTYVDSQVKATKDLGLALYNAYDDSLINPYDEKFRQSSMKDGLHPTKWGHEMMYYRIAETYHKNFD

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

Entity 5 polymer

描述 description	gp20, portal-proximal core protein
分子量 formula_weight	12303.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MAEEEKIIKEEPTNEETEQPEKIESAEDVVTEPEKEVTEEKSEAFVQLEQRISSLEQRLNNLESQPQPTQESSDPNFEDKTVPTEVDDNQETDGIESSEEIKQMLNL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	154849

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8egr/8egr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8egr/8egr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8egr/8egr.dat

Upper tail structure of Staphylococcus phage Andhra

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)