8egs

Tail knob structure of Staphylococcus phage Andhra

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 151.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8egs
沉积日期 deposition_date	2022-09-13
结构标题 title	Tail knob structure of Staphylococcus phage Andhra
关键词 keywords	phage tail, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.04 Å
零角强度 I(0) i0	81549800.00
分子量 molecular_weight	72484.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90686 Å³
包络体积 envelope_volume	126900 Å³
水化壳体积 shell_volume	30977 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.57 Å
包络 Rg envelope_rg	41.49 Å
形状 Rg shape_rg	39.99 Å
总 Rg total_rg	40.02 Å
总原子数 total_atoms	5116
残基数 n_residues	626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6507
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.771
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.031
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.183; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.078; Smooth: 0.831

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Lower collar protein
分子量 formula_weight	28450.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I
原子数 atom_count	5116

MQKMLYFDDDVKQIVDHMFFKGFMFNDERIDRYFKESFTLRFLYREIGRQTVESFASQVLYITMTHEDYIYRVYGSDMYKYIEQVTDTQSQDLGKAIENAIEQGQTKDRQQDKGHEEYKDYEDTITKSFDDNRTAESTLPQSKVNIDVDNTVLDYADTNTISRDKNTSETVSEKTGTKDNTFDSLRNGESDTKRNTQSQNEMNRTGLTKQYLIDNLQKLYSMRDTIFKTYDKECFLHIW

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

Entity 2 polymer

描述 description	Major tail protein
分子量 formula_weight	68431.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MADRKLTHFKFFYNTPLTDYQNTIHFSSNNERDNYFLNENHFNAIDYKNIPFNFIRDRNMVNLEQMSWQDAQGINYCTFKSDFENRRYYAFVNQIEYVNDHVTRMYLVIDTVMTYTQGNVLSTVQNAFVERQHLPRDVYNYLLPSLRNNDDVIKASNKYYLNNYLEQFGGNLVLFQSSADLSKKFGTKKEPNLESSKGITYDYITSPVNLYVMNREDFNNFMDKMSKYPWITQNFQKIILIPATFINKDDLEAVKTQEDIKGLMTLKNDKLSNEWELKELRVPFERLQYMLNSNQDELKHLVRNEYLTIEIYSWNGDSLLLDAGKITERTGVKLKTKSIIGYHNEVRIYPVDYNSAPNEKPIKASDNSILIDTGSFLNTAITFDSFAEVPILIDNGLLAQSQQANKQKNAQSNLISNRINNVVNGNDLKSRFYDAVSIGSNLSPTALFSKFNDEYNYYKELRAEYKDLALQPPTVTSSQMGNAFQIANSINGLTMKIGVPAPFDMDNIQRYYFMLGFETNDQAGTPFPIDSWTVCNYLRMRGTYTIDGIDPMLLEQLKVLLETGVRFWHNDGTNNPMAQNVFKNKFRK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Andhra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1958907
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Andhra

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	101037

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8egs/8egs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8egs/8egs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8egs/8egs.dat

Tail knob structure of Staphylococcus phage Andhra

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)