8ehb

Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ehb
沉积日期 deposition_date	2022-09-14
结构标题 title	Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M
关键词 keywords	Metallopeptidase inhibitor, HYDROLASE, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.32 Å
零角强度 I(0) i0	75961800.00
分子量 molecular_weight	70800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89743 Å³
包络体积 envelope_volume	114900 Å³
水化壳体积 shell_volume	33334 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.63 Å
包络 Rg envelope_rg	29.24 Å
形状 Rg shape_rg	29.31 Å
总 Rg total_rg	29.98 Å
总原子数 total_atoms	4948
残基数 n_residues	593
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8717
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.218
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative lipoprotein
分子量 formula_weight	13148.1 kDa
突变 mutation	I53M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5014

GPLGSPEFAEKESHASCSCECVEEKIPIVTLKNENAHFRYMKRRNDFALEIENKELVRGLYLIPRGCDIPKKYKEDGLPVIISGEVFDCSEYIKPWIKRDPVYFIKLSTIKKK

来源 Source

来源生物 organism	Tannerella forsythia (strain ATCC 43037 / JCM 10827 / CCUG 21028 A / KCTC 5666 / FDC 338)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.960 Å
晶胞边长 b length_b	78.150 Å
晶胞边长 c length_c	71.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	63.200 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/eh/8ehb/8ehb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eh/8ehb/8ehb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eh/8ehb/8ehb.dat

Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin D mutant I53M

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction