8ekg

MHETase variant Thr159Val, Met192Tyr, Tyr252Phe, Tyr503Trp

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 181.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ekg
沉积日期 deposition_date	2022-09-20
结构标题 title	MHETase variant Thr159Val, Met192Tyr, Tyr252Phe, Tyr503Trp
关键词 keywords	Protein Engineering, MHETase, Plastic degradation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.08 Å
零角强度 I(0) i0	1942000000.00
分子量 molecular_weight	353310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	434980 Å³
包络体积 envelope_volume	613320 Å³
水化壳体积 shell_volume	93932 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.3 Å
壳层 Rg shell_rg	56.85 Å
包络 Rg envelope_rg	53.60 Å
形状 Rg shape_rg	55.07 Å
总 Rg total_rg	55.15 Å
总原子数 total_atoms	24825
残基数 n_residues	3338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.8 Å
Rg (实空间) rg_real	55.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1942000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8290
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.291
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.496
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
分子量 formula_weight	62372.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.102
突变 mutation	T159V, Y503W, M192Y, Y252F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	25228

MENLYFQGGGGSTPLPLPQQQPPQQEPPPPPVPLASRAACEALKDGNGDMVWPNAATVVEVAAWRDAAPATASAAALPEHCEVSGAIAKRTGIDGYPYEIKFRLRMPAEWNGRFFMEGGSGTNGSLSAATGSIGGGQIASALSRNFAVIATDGGHDNAVNDNPDALGTVAFGLDPQARLDYGYNSYDQVTQAGKAAVARFYGRAADKSYFIGCSEGGREGMMLSQRFPSHYDGIVAGAPGFQLPKAGISGAWTTQSLAPAAVGLDAQGVPLINKSFSDADLHLLSQAILGTCDALDGLADGIVDNYRACQAAFDPATAANPANGQALQCVGAKTADCLSPVQVTAIKRAMAGPVNSAGTPLYNRWAWDAGMSGLSGTTYNQGWRSWWLGSFNSSANNAQRVSGFSARSWLVDFATPPEPMPMTQVAARMMKFDFDIDPLKIWATSGQFTQSSMDWHGATSTDLAAFRDRGGKMILYHGMSDAAFSALDTADWYERLGAAMPGAAGFARLFLVPGMNHCSGGPGTDRFDMLTPLVAWVERGEAPDQISAWSGTPGYFGVAARTRPLCPYPQIARYKGSGDINTEANFACAAPP

来源 Source

来源生物 organism	Ideonella sakaiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1547922
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	63.967 Å
晶胞边长 b length_b	120.514 Å
晶胞边长 c length_c	126.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	43.870 Å
R 因子 r_factor	0.1867
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2408

fit	/app/data/saxs_computation/ek/8ekg/8ekg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/8ekg/8ekg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/8ekg/8ekg.dat