8em8

Co-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex with RY-1-165

Method: X-RAY DIFFRACTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8em8
沉积日期 deposition_date	2022-09-27
结构标题 title	Co-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex with RY-1-165
关键词 keywords	SGC, cGMP-kinase, inhibitor, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	cGMP-dependent protein kinase
分子量 formula_weight	97814.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6187

MEEDDNLKKGNERNKKKAIFSNDDFTGEDSLMEDHLELREKLSEDIDMIKTSLKNNLVCSTLNDNEILTLSNYMQFFVFKSGNLVIKQGEKGSYFFIINSGKFDVYVNDKKVKTMGKGSSFGEAALIHNTQRSATIIAETDGTLWGVQRSTFRATLKQLSNRNFNENRTFIDSVSVFDMLTEAQKNMITNACVIQNFKSGETIVKQGDYGDVLYILKEGKATVYINDEEIRVLEKGSYFGERALLYDEPRSATIIAKEPTACASICRKLLNIVLGNLQVVLFRNIMTEALQQSEIFKQFSGDQLNDLADTAIVRDYPANYNILHKDKVKSVKYIIVLEGKVELFLDDTSIGILSRGMSFGDQYVLNQKQPFKHTIKSLEVCKIALITETCLADCLGNNNIDASIDYNNKKSIIKKMYIFRYLTDKQCNLLIEAFRTTRYEEGDYIIQEGEVGSRFYIIKNGEVEIVKNKKRLRTLGKNDYFGERALLYDEPRTASVISKVNNVECWFVDKSVFLQIIQGPMLAHLEERIKMQDTKVEMDELETERIIGRGTFGTVKLVHHKPTKIRYALKCVSKRSIINLNQQNNIKLEREITAENDHPFIIRLVRTFKDSKYFYFLTELVTGGELYDAIRKLGLLSKSQAQFYLGSIILAIEYLHERNIVYRDLKPENILLDKQGYVKLIDFGCAKKVQGRAYTLVGTPHYMAPEVILGKGYGCTVDIWALGICLYEFICGPLPFGNDEEDQLEIFRDILTGQLTFPDYVTDTDSINLMKRLLCRLPQGRIGCSINGFKDIKDHPFFSNFNWDKLAGRLLDPPLVSKSETYAEDIDIKQIEEEDAEDDEEPLNDEDNWDIDF

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum (isolate 3D7)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	unidentified peptide fragment
分子量 formula_weight	358.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

XXXX

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum (isolate 3D7)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	[(3R)-3-{[(4M)-4-(4-cyclopropyl-2-phenyl-1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-2-yl]amino}pyrrolidin-1-yl](1,3-thiazol-2-yl)methanone
分子量 formula_weight	457.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.145 Å
晶胞边长 b length_b	127.986 Å
晶胞边长 c length_c	213.728 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	47.650 Å
R 因子 r_factor	0.2205
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2626

Co-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex with RY-1-165

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)