8emz

Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8emz
沉积日期 deposition_date	2022-09-28
结构标题 title	Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2
关键词 keywords	norovirus, Nanobody, inhibitor, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.38 Å
零角强度 I(0) i0	41180600.00
分子量 molecular_weight	49103.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61002 Å³
包络体积 envelope_volume	72722 Å³
水化壳体积 shell_volume	24494 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.94 Å
包络 Rg envelope_rg	26.65 Å
形状 Rg shape_rg	26.36 Å
总 Rg total_rg	27.04 Å
总原子数 total_atoms	3536
残基数 n_residues	433
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8433
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.488
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9801000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.704; Smooth: 0.960

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	GII.17 P domain
分子量 formula_weight	34041.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3822

PFSLPILTLSELTNSRFPVPIDSLFTAQNNVLQVQCQNGRCTLDGELQGTTQLLPTGICAFRGRVTAQINQRDRWHMQLQNLNGTTYDPTDDVPAPLGTPDFKGVVFGMVSQRNVGNDAPGSTRAQQAWVSTYSPQFVPKLGSVNLRISDNDDFQFQPTKFTPVGVNDDDDGHPFRQWELPNYSGELTLNMNLAPPVAPNFPGEQLLFFRSFVPCSGGYNQGIIDCLIPQEWIQHFYQESAPSQSDVALIRYVNPDTGRTLFEAKLHRSGYITVAHSGDYPLVVPANGHFRFDSWVNQFYSLAPM

来源 Source

来源生物 organism	Norovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	142786
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 2
分子量 formula_weight	14128.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRFFSSYAMGWFRQAPGKEREFVAAISWSGGSTYYADSVKGRFTTSRDNAKNTVYLLMNSLKPEDTAVYYCAAAREGAYYPDSYYRTVRYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	286

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8emzB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.961 Å
晶胞边长 b length_b	90.545 Å
晶胞边长 c length_c	59.397 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	48.850 Å
R 因子 r_factor	0.1959
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2196

fit	/app/data/saxs_computation/em/8emz/8emz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/8emz/8emz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/8emz/8emz.dat

Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)