8en5

Structure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 56

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8en5
沉积日期 deposition_date	2022-09-28
结构标题 title	Structure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 56
关键词 keywords	norovirus, Nanobody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.80 Å
零角强度 I(0) i0	570420000.00
分子量 molecular_weight	194150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	241470 Å³
包络体积 envelope_volume	317050 Å³
水化壳体积 shell_volume	60383 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.26 Å
包络 Rg envelope_rg	43.37 Å
形状 Rg shape_rg	43.80 Å
总 Rg total_rg	43.98 Å
总原子数 total_atoms	13721
残基数 n_residues	1736
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	570400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8739
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.669
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	101800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.764

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	GII.4 P domain
分子量 formula_weight	35103.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15074

TKPFSVPVLTVEEMTNSRFPIPLEKLFTGPSSAFVVQPQNGRCTTDGVLLGTTQLSPVNICTFRGDVTHITGSRNYTMNLASQNWNDYDPTEEIPAPLGTPDFVGKIQGVLTQTTRTDGSTRGHKATVYTGSADFAPKLGRVQFETDTDRDFEANQNTKFTPVGVIQDGGTTHRNEPQQWVLPSYSGRNTHNVHLAPAVAPTFPGEQLLFFRSTMPGCSGYPNMDLDCLLPQEWVQYFYQEAAPAQSDVALLRFVNPDTGRVLFECKLHKSGYVTVAHTGQHDLVIPPNGYFRFDSWVNQFYTLAPMGNGTGRRRAV

来源 Source

来源生物 organism	Norovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	142786
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 56
分子量 formula_weight	14529.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

QVQLQESGGGLVQPGDSLRLSCATSGFILGRPVITWFRQAPGKEREGVLCISGSDEITYFIDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQINSLKPEDTANYYCAARTFTAGCYSRSIAYPYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1317

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.244 Å
晶胞边长 b length_b	235.384 Å
晶胞边长 c length_c	70.566 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	68.380 Å
R 因子 r_factor	0.1875
R_work r_work	0.1859
R_free r_free	0.2194

fit	/app/data/saxs_computation/en/8en5/8en5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/en/8en5/8en5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/en/8en5/8en5.dat

Structure of GII.4 norovirus in complex with Nanobody 56

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)