SAXSdb — 8env

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8env
沉积日期 deposition_date	2022-09-30
结构标题 title	In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map
关键词 keywords	Pseudomonas, phage, baseplate, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	91.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	90.94 Å
零角强度 I(0) i0	17930100000.00
分子量 molecular_weight	1141300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1426800 Å³
包络体积 envelope_volume	3000700 Å³
水化壳体积 shell_volume	273240 Å³
包络直径 envelope_diameter	282.7 Å
壳层 Rg shell_rg	96.41 Å
包络 Rg envelope_rg	84.35 Å
形状 Rg shape_rg	90.95 Å
总 Rg total_rg	90.96 Å
总原子数 total_atoms	80436
残基数 n_residues	10698
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.2 Å
Rg (实空间) rg_real	88.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7210e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9190e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	93.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18030000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9050
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	118.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.014
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.684
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6639
最高正则化参数 α highest_alpha	1326000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.996; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.851; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Sheath protein gp31
分子量 formula_weight	53694.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	80436

MISQSRYIRIISGVGAAAPVAGRKLILRVMTTNNVIPPGIVIEFDNANAVLSYFGAQSEEYQRAAAYFKFISKSVNSPSSISFARWVNTAIAPMVVGDNLPKTIADFAGFSAGVLTIMVGAAEQNITAIDTSAATSMDNVASIIQTEIRKNADPQLAQATVTWNQNTNQFTLVGATIGTGVLAVAKSADPQDMSTALGWSTSNVVNVAGQSADLPDAAVAKSTNVSNNFGSFLFAGAPLDNDQIKAVSAWNAAQNNQFIYTVATSLANLGTLFTLVNGNAGTALNVLSATAANDFVEQCPSEILAATNYDEPGASQNYMYYQFPGRNITVSDDTVANTVDKSRGNYIGVTQANGQQLAFYQRGILCGGPTDAVDMNVYANEIWLKSAIAQALLDLFLNVNAVPASSTGEAMTLAVLQPVLDKATANGTFTYGKEISAVQQQYITQVTGDRRAWRQVQTLGYWINITFSSYTNSNTGLTEWKANYTLIYSKGDAIRFVEGSDVMI

Entity 2 polymer

描述 description	Structural protein gp33
分子量 formula_weight	11576.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,L,Q,V,a,f

KIPLTAVPNQAISFNAGSSYWKIRLYQNMDMMNADISRDGVIVCHGVRCFGGIPLLQYSHQYRPDYGNFVFDRDADWTLFGDGINLFYLDGAEFAEYQALAT

Entity 3 polymer

描述 description	Sheath initiator gp34
分子量 formula_weight	11769.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M,R,W,b,g

STSTIRTGTNNDILLDDNGNMVILRDVEACAQDVRAAMLMRTGENIFDVNSGVGYFEYIFSPQKSYDDARKSIADAILSSPDVTGIEQLDIDITGEVFGVDAKVITIH

Entity 4 polymer

描述 description	Ripcord gp36
分子量 formula_weight	16110.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,N,S,X,c,h

MINVSGFGTGIVIVSASSFPMGFSLSKFADDESPISSKELEPFGYEMLYDGGLFAFDKAAPLEVSVSVIAGSEDDINLRILLNSKKGSFRFLPGIIPDMTTLVATLPDGGRTVLSNGTILKGPAIDTIQNTGRRKGNTYTFVFGSYLGAQTA

Entity 5 polymer

描述 description	Baseplate_J domain-containing protein gp44
分子量 formula_weight	43207.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,O,T,Y,d,i

MANYNYIVDTGVIVADTADVLSDVEAEFRAALGANINLAASTPQGSLVAAEAIARSSVMRNEARIANTINPNVSFGTFLDAICALMGIERGSDLSTFGYGVQVTGRSQTRISTGSRVQTPAGAIFTVMSDVTIPAGGVATIDIKSQEYGNIPLPVGNLIIIDGTIGWSGAKVIASTRVDPGSRQMSDAELKNARVNRLAIQGRNSTMAIKAYVSAVPNVTSVNVIENNTGAVQVVNGVSFTLPYAVWVCVAGNPDKQAVADALWAAHNGGTPWDYGATNNGVPVDGPNGVPVRDPASGRKYVVKWTTPIMYDGYVNVTVQQGSSSVAPEAIQNAVVNYAQGKVEGEEGLVVGASLSAFEVAGAIAREIPGIYIKLCQVACVAAGSPAPAPGDFTSEYVMSAFGQATISVGNVRVTFV

Entity 6 polymer

描述 description	Structural protein gp45
分子量 formula_weight	54107.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,P,U,Z,e,j

LPAYNSDIQQALKWLHNQAPGITGLIQRKAQWYDRFSRQFWANWERDVFHLKTANPFGLMVWCIILGTPSKGFGLYPKNSSWAFGRLRQNFIYSGTQVPPPADASPGGNFYGGGNAEILNLDEIRKVLQLRYVALISNGSIAYINRMLRYIFNDDEPWDEATGLYFYLMDSTGENGPVENLAVYRKDWEGMVLLSSSPRTNHVLTSTPASDADWPGVDPAASGIPVTVETASATAPDGSATVCKLTKPAGSTAYVSAPIDGPLGSGSTVTFSFFAKAGSTRFIAIQSAADFPSRADAVFDLDSGNVISDQMLDSSVVSARMIRLENGWWRCVLTTKTVSSSFRAAYVAPAETNFSWIDSNSSAAIDVLIWGAQIELGDTPTGYLKTTGAPVTITDYVLQNAQTGTVKFTQPLPTGVEAYWTGDWKGGTAAEPARFAVGNGTQDTFTLSDPAYIGLPTSGAFKLEYRVGPALNLSPQLINLMNDRAVGIMPTCAGCDVKVI

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.42 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	9300

fit	/app/data/saxs_computation/en/8env/8env.fit
pddf	/app/data/pr_computation/en/8env/8env.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/en/8env/8env.dat

In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)