8eon

Pseudomonas phage E217 baseplate complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 215.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eon
沉积日期 deposition_date	2022-10-03
结构标题 title	Pseudomonas phage E217 baseplate complex
关键词 keywords	Pseudomonas, phage, baseplate, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	82.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.51 Å
零角强度 I(0) i0	25602000000.00
分子量 molecular_weight	1359500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1699200 Å³
包络体积 envelope_volume	2987100 Å³
水化壳体积 shell_volume	290040 Å³
包络直径 envelope_diameter	283.3 Å
壳层 Rg shell_rg	88.96 Å
包络 Rg envelope_rg	80.49 Å
形状 Rg shape_rg	82.57 Å
总 Rg total_rg	82.38 Å
总原子数 total_atoms	95688
残基数 n_residues	12711
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.5 Å
Rg (实空间) rg_real	80.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4690e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1010e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	83.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25660000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	102.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.2882
最高正则化参数 α highest_alpha	3667000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Baseplate component gp33
分子量 formula_weight	11576.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,L,Q,V,a,f
原子数 atom_count	95688

KIPLTAVPNQAISFNAGSSYWKIRLYQNMDMMNADISRDGVIVCHGVRCFGGIPLLQYSHQYRPDYGNFVFDRDADWTLFGDGINLFYLDGAEFAEYQALAT

Entity 2 polymer

描述 description	Baseplate component gp34
分子量 formula_weight	11769.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M,R,W,b,g

STSTIRTGTNNDILLDDNGNMVILRDVEACAQDVRAAMLMRTGENIFDVNSGVGYFEYIFSPQKSYDDARKSIADAILSSPDVTGIEQLDIDITGEVFGVDAKVITIH

Entity 3 polymer

描述 description	Baseplate component gp36
分子量 formula_weight	16110.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,N,S,X,c,h

MINVSGFGTGIVIVSASSFPMGFSLSKFADDESPISSKELEPFGYEMLYDGGLFAFDKAAPLEVSVSVIAGSEDDINLRILLNSKKGSFRFLPGIIPDMTTLVATLPDGGRTVLSNGTILKGPAIDTIQNTGRRKGNTYTFVFGSYLGAQTA

Entity 4 polymer

描述 description	Triplex gp44-b
分子量 formula_weight	43207.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,O,T,Y,d,i,q,r,s,t,u,v

MANYNYIVDTGVIVADTADVLSDVEAEFRAALGANINLAASTPQGSLVAAEAIARSSVMRNEARIANTINPNVSFGTFLDAICALMGIERGSDLSTFGYGVQVTGRSQTRISTGSRVQTPAGAIFTVMSDVTIPAGGVATIDIKSQEYGNIPLPVGNLIIIDGTIGWSGAKVIASTRVDPGSRQMSDAELKNARVNRLAIQGRNSTMAIKAYVSAVPNVTSVNVIENNTGAVQVVNGVSFTLPYAVWVCVAGNPDKQAVADALWAAHNGGTPWDYGATNNGVPVDGPNGVPVRDPASGRKYVVKWTTPIMYDGYVNVTVQQGSSSVAPEAIQNAVVNYAQGKVEGEEGLVVGASLSAFEVAGAIAREIPGIYIKLCQVACVAAGSPAPAPGDFTSEYVMSAFGQATISVGNVRVTFV

Entity 5 polymer

描述 description	Triplex gp45
分子量 formula_weight	54107.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,P,U,Z,e,j

LPAYNSDIQQALKWLHNQAPGITGLIQRKAQWYDRFSRQFWANWERDVFHLKTANPFGLMVWCIILGTPSKGFGLYPKNSSWAFGRLRQNFIYSGTQVPPPADASPGGNFYGGGNAEILNLDEIRKVLQLRYVALISNGSIAYINRMLRYIFNDDEPWDEATGLYFYLMDSTGENGPVENLAVYRKDWEGMVLLSSSPRTNHVLTSTPASDADWPGVDPAASGIPVTVETASATAPDGSATVCKLTKPAGSTAYVSAPIDGPLGSGSTVTFSFFAKAGSTRFIAIQSAADFPSRADAVFDLDSGNVISDQMLDSSVVSARMIRLENGWWRCVLTTKTVSSSFRAAYVAPAETNFSWIDSNSSAAIDVLIWGAQIELGDTPTGYLKTTGAPVTITDYVLQNAQTGTVKFTQPLPTGVEAYWTGDWKGGTAAEPARFAVGNGTQDTFTLSDPAYIGLPTSGAFKLEYRVGPALNLSPQLINLMNDRAVGIMPTCAGCDVKVI

Entity 6 polymer

描述 description	Baseplate component gp37
分子量 formula_weight	19081.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MLGIFTSLLSSRSFSIVDQNTNQLVAADLRISRVNTRFSSVGQRHMLEDGTTKMDSRTIHPMEIIVEVFCPSIDVVDQINQLLLDRDTLYKVITRGMVFERMMCTSEALNQTPDMISATPARLTFSQVLVQNPKPIMFRNAGDSSMIDRGLALAEDVVGSAGDLFDYAVNGV

Entity 7 polymer

描述 description	Baseplate component gp38
分子量 formula_weight	21169.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,k,o

MNSFLKSILNTPTLTIRDDVTKLPVWKSLQVKKVEIYSPASVVSKPLATKDQTEAQVYTEALDIDVKNGKIIQPVRLRINAICPDLSTVESIMNAFNDNTSTFAITSKSILADKMAIMTLDVDQSPDMLNAAEINMEFEQVEPPVLNKFDPAFPQDSPTYGVQIQSLSDANLLDLGAIGDSISSAAKSLYNRV

Entity 8 polymer

描述 description	Baseplate hub gp41
分子量 formula_weight	32480.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,l,m

MKKRILRVTFNMPYGPEVIREDLDVRVRIMKAALRIQNRATMEIFGLTTQLRESLLSQFTAWKHRQRQVGREDELMIKVSVEAGYSDQGREQVSRVFVGEVAIVDIISPPPDIGIRIQCYTRQIDRTKTIRNMPPANTTFVKFVEWGANEMGLNFICDTSYNDQVLKNPGRSITVASAILASIQDMYMPDVAAFVDDDILIVKDRDKVIRPDEVTNVNSFVGIPSWSEWGVEFQCLFEPSIRVAGGVAVESLMNPSVNGNYVITALEYDLASRDRPFYIKVMGSPAA

Entity 9 polymer

描述 description	Baseplate spike gp43
分子量 formula_weight	23982.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,n,p

NISLTSAKAPDRTRLIAALDARSRRDALDFEVMIPAQVVQYDRAENIATIQPLITWVDTEHNAVQRHQLVDIPVISMGAGGFHISFPIQQGDIGWIYAADRDTSQFLESLSMSKPNTGRIHKFEHGLFIPDVFRRYTINSEDSAAMVIQSTSGATRISIRGDNIKITAPSNVTVDTPQANFTGNVTIANTLVVNGINVNNHGHLENNPPDARTKGGMIA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10000

fit	/app/data/saxs_computation/eo/8eon/8eon.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/8eon/8eon.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/8eon/8eon.dat

Pseudomonas phage E217 baseplate complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)