8epx

Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8epx
沉积日期 deposition_date	2022-10-06
结构标题 title	Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound
关键词 keywords	homotetramer, restriction endonuclease, DNA binding, DNA cleavage, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.12 Å
零角强度 I(0) i0	901080000.00
分子量 molecular_weight	220950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264550 Å³
包络体积 envelope_volume	377380 Å³
水化壳体积 shell_volume	69143 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.7 Å
壳层 Rg shell_rg	51.62 Å
包络 Rg envelope_rg	42.88 Å
形状 Rg shape_rg	44.06 Å
总 Rg total_rg	44.54 Å
总原子数 total_atoms	15448
残基数 n_residues	1816
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	45.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	901400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.080
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.652
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.866

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
分子量 formula_weight	56329.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15457

MPYDHNAEADFAASEVARMLVADPGLCYDAASLPASISASASYEPSAAGWPKADGLVSVLEGGTSTQRAIALEYKRPQEGIHGLLTAIGQAHGYLHKGYSGAAIVIPGRYSSHPTPAEYVRDVLNAISGSRAIAVFSYSPPDTTSPTPFAGRIQCVRPLVFDAGRVHLRPANQGPKTQWVHMREGSTTRDAFFRFLQVAKRLSADPTAPRPTLRSELVAAIGRLAPGRDPIEYITNTADNKFLTKVWQFFWLEWLATPAVLTPWKLEAGVYSAPGARTRILREDGTDFSQLWEGRVNSLKETIAGMLNRGEISEAQGWEAFVGGISATGGGQDKQGVRARAHSYREDIDSALAQLRWIEDDGLPTDQGYRFMTICERYGGANSRAAIDYMGATLIQTGRYASFLHYINRLSERKFAENPLAYTKPGPGGMPVFTEESYWEYLQDLETKLTDELRVMRKVSGRARPRVRTTFQVELTLLRNYGFVSSTRHRLGVGIPIDWEQVVQALNVDL

来源 Source

来源生物 organism	Paucibacter aquatile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2070761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA 4a
分子量 formula_weight	4740.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCGCAGGTGGGAAG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA 4b
分子量 formula_weight	4441.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CTTCCCACCTGCGCC

Entity 4 polymer

描述 description	DNA 2a
分子量 formula_weight	4746.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TCTTCCCACCTGCGCC

Entity 5 polymer

描述 description	DNA 2b
分子量 formula_weight	5053.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GGCGCAGGTGGGAAGA

Entity 6 polymer

描述 description	DNA 3a
分子量 formula_weight	5670.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TGGCGCAGGTGGGAAGAA

Entity 7 polymer

描述 description	DNA 3b
分子量 formula_weight	5363.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TTCTTCCCACCTGCGCCA

Entity 8 polymer

描述 description	DNA 1a
分子量 formula_weight	7163.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

CCTCGCGTGGCGCAGGTGGGAAG

Entity 9 polymer

描述 description	DNA 1b
分子量 formula_weight	6963.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CTTCCCACCTGCGCCACGCGAGG

Entity 10 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	166130

fit	/app/data/saxs_computation/ep/8epx/8epx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/8epx/8epx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/8epx/8epx.dat

Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)