8eqm

Structure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-red light

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 181.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eqm
沉积日期 deposition_date	2022-10-08
结构标题 title	Structure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-red light
关键词 keywords	Far-red, photosystem II, cyanobacteria, chlorophyll, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.50 Å
零角强度 I(0) i0	3613530000.00
分子量 molecular_weight	589470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	767360 Å³
包络体积 envelope_volume	928390 Å³
水化壳体积 shell_volume	133590 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.5 Å
壳层 Rg shell_rg	62.13 Å
包络 Rg envelope_rg	54.64 Å
形状 Rg shape_rg	54.53 Å
总 Rg total_rg	54.58 Å
总原子数 total_atoms	41900
残基数 n_residues	4678
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.0 Å
Rg (实空间) rg_real	55.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3614000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8596
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	454300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.521

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (34)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39958.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	42502

MTTLIQRPNISQWERFCQWITSTENRLYIGWFGVLMLPLLGVSITVFVTAFIAAPPVDIDGIREPLSGSLLYGNNIITAAVVPTSNAIGLHFYPIWEAATLDEWLYNGGPYQMIAFHYIPALLCYLGREWELSYRLGMRPWICIAYSAPVAATISVFLIYPIGQGSFSDGLPMGISGTFNFMFVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVLGGSLFCAMHGSLVTSSLVRETSDSQSQNEGYKFGQEEETYNILAAHGYFGRLIFQYASFNNSRQLHFFLAAWPVVCIWFVALGISTMAFNLNGFNFNHSVLDSQGRVLPSWADVVNRASLGFEVMHERNAHNFPLDLASGESVQVAMRAPHIGA

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56441.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGLPWYRVHTSVLNDPGRLIAVHIMHNALCAGFAGSMLLFELALFDPSDPVLNPMWRQGCFLMPFVSRLGVVNSWQGWSVTGETFTNPGFWTFETVAIAHIIFSGLSFLAACWHWVYWDVATFFDPKTDEPVIDLPKVFGIHLTLAGILCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPLGLTGHIQGVAPEWGAAGFDPHNPGGVVAHHIALGIVAIIGGLFHIFVRPPEYLYKGLRMGNIEGTLASGLAVFFSGAFIAAGTMWYGTATTPIELWGPTRYQWDQGFFQQAISRQVKASISDGKSPSEAWSEIPTKLAFYDYIGNSPAKGGLFRVGRMVDGDGLPTGWLGHPVFKDGEGRELTVRRMPNFFENFPVVLFDQDGIVRADIPFRQAESKYGIEQTGVTVSFYGGELDGQTFSDPKDVKKYARRAQLGEPFEFDRSVYDSDGLFRTSNRGFFAFFHVIFGLLWFFGHIWHGLRALFQDVFSGIDPSLSAEQVEWGYFKKVGDPTSQQTPA

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	52375.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

METPLETIPDLSLSPTAEVGSILAPASPGYDEATSGYAWWAGNARLITPELTGRFLGAHVAHAGLVALWAGGMLLFEVSHFNLSKPMYEQGCILMPHIATLGIGVGQSGEITSMFPFFAIGVAHLIGSAVLGIGGMYHAIKGPEKLYGFFQFDWTDRAKVAQILGFHIAILGIFALLFAAKAMYWGGLYDPWAPGGGDVRLVTNPTLDPRIIFGYLIKRPTGGEGWIVSVNNLEDIIGGHIWIGCILIAGGIWHILVPPLRWTYNLFPWTGETYLSQSLGNVAGQAFIAAAFIWFNNTAYPSVFYGPTVPESSQAQSFVFLMRDQGMGADVASAQGPTGLGKYLQRSPTGEIIFGGETMRFWDARAPWLEPLRGKNGLDLDKLQHDVQPWQLRRAAEYMTHSPIGSLNSVAGLATESNAFNYVSPRTWLASAHFIFGFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFETGLDREDEPVLSMAPIDPSLRSD

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39596.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTITMGSLGSARDWIKQLDDWLKRDRFVFIGWSGLLLFPCSFLAIGAWFTGTTFVTSWYTHGLVSSYLEGCNFLTVAVSTPAESMGHSLLLLWGPEASGDFVRWCQIGGLWTFTALHGVFGLIGFMLRQIEIARLVGIRPYNAIAFSAPIAVYCATFLIYPLGQSSWFFGPGFGVSAIFRFLLFFQGFHNYTLNPFHMMGVTGVLGGALLCAIHGATVQNTLFRDNQSKNTFKGFSTDQGEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGMAGLAFNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGLRAWLSEMDQPAKKFVFPDEVLPRGFSE

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9136.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MAGVTGERPFGDIVTSVRYWIIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDAFGTPRPNEYYPSNQMELPIVDDRYNPDRTLKYQD

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	5024.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MTNIGREQPISYPIFTIRWLAIHALAIPSVFFLGSIAAMQFIQR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7247.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MRQKYVSNKAAPLQYPLRKLNSEAGKVVPGWGTAPLMGIMLIALLLFILTILQLYNGTVIVEGIDV

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4229.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MVTLKIVVYLTVSFFVGLFIFGFLSGDPARNPSGRDFD

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5069.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MDVAFLVAELPEAYRAFGPLIDVLPILPIFFLLLAFVWQASVGFR

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4566.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MADRPTNPNKQPVELNRTSLYLGLLVVFVTGLLFSSYFFN

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3980.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

METNKLGFVASVLFVFVPTVFLLILYIQTASKKTGT

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
分子量 formula_weight	29319.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

MIATVLVLTLGLLTACSGTKIAGDSLTYDDIRGSGLANDCPALTGTNMDAIPLEGSQPYQIRSLCLQPQTFLVETFPSVNGQLKKQAGRFVEGKLLTRSSFTLDQVSGQLQKASNGALTFVEQGGFDFQPVTVQIPNGDRVPLLFTVKGLVAKTAEAIDTIRPSTRFSGSFDVPPYRTSSFIDPKGRGLAVGYDAAVGIPIQADREAFSRQNNKSFKVGTGNIVLQVDRVNQSTGEISGSFESQQPSDTDFGSKPAMTVKILGQFYSRITPEIA

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3606.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

MEAVAYILIFACIIGTLFFAIAFREPPKITKD

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
分子量 formula_weight	17325.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

MKLAIRKALGRWLVFGITLMIVQGFMLSGSSLSAMASPSNSNTAFFANGQINGITLLANAGGKDLRNTVDDKLATAYGSKIDVNNTNIAAFRKHRGLYPTIAGKVVSNAPYDSIEDILDIPGLREVEKDRLQKNMDIFTISDPVPALVEGADRFNNGVYK

Entity 15 polymer

描述 description	Cytochrome c-550
分子量 formula_weight	18814.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

MKKVFQKFAWWMATFVFVAIGLFGAGPLVEGAIAAELDANLRTIPLNEAGDTVTLSLEEFTRGQQKFNNACAICHLGGITKTNPNVGLDTESLAGAFPDRNNLEGLVDYLHNPTTYDGLTEISELHPSTKSSDIYPKMRNLTEDDLRAISGHILLMPKIRGDQWGAGKTKSL

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center X protein
分子量 formula_weight	4273.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTPSLTNFMLSLLAGLLIVVVPATIALIFISQRDQIRRG

Entity 17 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 20 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	60

Entity 21 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 22 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 23 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 24 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 26 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 27 non-polymer

描述 description	Chlorophyll F
分子量 formula_weight	905.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 28 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 29 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL D
分子量 formula_weight	895.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 30 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 31 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 32 non-polymer

描述 description	(3R)-beta,beta-caroten-3-ol
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 34 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	590

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8eqmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	8eqmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	680 — Photosystem II CP47 reaction center protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II CP47 reaction center protein

结构域编号 domain_id	8eqma01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	8eqmb01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	680 — Photosystem II CP47 reaction center protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II CP47 reaction center protein

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90191

fit	/app/data/saxs_computation/eq/8eqm/8eqm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/8eqm/8eqm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/8eqm/8eqm.dat

Structure of a dimeric photosystem II complex acclimated to far-red light

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (34)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)