8er8

Acheta domesticus segmented densovirus, mature virion capsid structure

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 112.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8er8
沉积日期 deposition_date	2022-10-11
结构标题 title	Acheta domesticus segmented densovirus, mature virion capsid structure
关键词 keywords	parvovirus, densovirus, virus capsid, virion, insect virus, capsid, invertebrate, VIRUS-DNA complex; VIRUS/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.96 Å
零角强度 I(0) i0	28296900.00
分子量 molecular_weight	39568.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48919 Å³
包络体积 envelope_volume	66756 Å³
水化壳体积 shell_volume	22789 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.60 Å
包络 Rg envelope_rg	29.66 Å
形状 Rg shape_rg	26.92 Å
总 Rg total_rg	27.49 Å
总原子数 total_atoms	5472
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5043
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.611
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.103
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3852000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.370; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.242; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
分子量 formula_weight	37793.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5472

TKEGYGKHITSMHVRNIFNQGNQVIRNIVKQQRYELLDFTGTEAGTTNLPKIIPYQCIWWRGLQNAANVNQTINNMIALNTISYGVRFLKAKLCIEVYAVTRKRLIQTGATSYYTDDFEQGQNLFIGWADRKAESIPITTPADLDETKLTVANTTLFDANNDNITKEEVPTREKWCHTWDLDVLNHNYLWEPNNLDSQWTLIPGAQAVQPTATPIGPTYQEIVIATKAIGANESALVTTIQDRRSYPRLMLSQPQIKDETDTMKFKYQIRISTELEMEHHIKPDIANPWLTRQTLPLPALSGDGTTRYVPCVPYETHVSQRNWNHVGEYL

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPTPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	39820.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATAA

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	150469

fit	/app/data/saxs_computation/er/8er8/8er8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/8er8/8er8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/8er8/8er8.dat

Acheta domesticus segmented densovirus, mature virion capsid structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)