SAXSdb — 8es4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8es4
沉积日期 deposition_date	2022-10-13
最后修订 last_revision	2023-10-18
结构标题 title	Focused reconstruction of HRP29 tail
关键词 keywords	HRP29, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.79 Å
零角强度 I(0) i0	999110000.00
分子量 molecular_weight	261610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	326410 Å³
包络体积 envelope_volume	521040 Å³
水化壳体积 shell_volume	74770 Å³
包络直径 envelope_diameter	285.7 Å
壳层 Rg shell_rg	53.38 Å
包络 Rg envelope_rg	68.11 Å
形状 Rg shape_rg	68.80 Å
总 Rg total_rg	68.34 Å
总原子数 total_atoms	18462
残基数 n_residues	2461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	233.2 Å
Rg (实空间) rg_real	67.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	992800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5526
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	68.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.725
峰度 Kurtosis kurtosis	0.079
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0126
最高正则化参数 α highest_alpha	36780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.712; Smooth: 0.471

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Gp35
分子量 formula_weight	56983.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	18462

MQGQQKESLESLFTKDSDPTVLDAAEQFAQWTLPTVLTRDISGMDGKRTSLHRDYQSTGAVLVNSASTKVTNALFPQGAPFFRFVDSPDMAAAVAELGINGTVQSQQSQIELSASSLVFSRDNYAASLRAVKLLMVTGNALEYFDEGTGRSHIYSVREYTVRRDGSGNILRVVLKERIAAMDLPQEFRSAHLGQKDDYDDVTLYTGICLEDNKFKIYQEVQQQQIGDASTYPIDECPYTVLVWNLVNGEHYGRGLVEDYAGDFARLSVLSQALTLYEVEAARLYNAVSAGAGIDVDAAQAAETGDYVQTSAAPGTNPGIWAVENGSDRKIMSLQSEISMIEQKLARAFMYAGNTRQGERVTAYEIRTNAQEAQNSLGDAYSILSDHWLRKRAYLYTVYQYPPMRAMFTLGATTIQILVGTASLNKAAQADRLLEASQSIQLVLPVLQGATKRTNPDAVVDFILDAFGVVSSKLMYTEEQLKQIQDQQDQQQADQQRNLELAQANPEVAGQQLGLIPS

Entity 2 polymer

描述 description	Gp39
分子量 formula_weight	20815.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MRLTDAVNVTLEALGESRIVDINTSNPSAGLARAALDRTRRGVLSTGWWFNTIIREVTPTPNPGQIKVPWNQLSMYGLDGTKYGERDGVLYNLVDQTKVFSDTVHLKVVIDIDFEDLPEHMAMWVANATAAQVYLNDLGADGNYKSLLGIAAEYEAMNMREHLRNQRYSTSRTHAARKIRSGFFR

Entity 3 polymer

描述 description	Gp40
分子量 formula_weight	84783.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAQTFEGTLQSLLQGVSQQIPRERQPGQLGAQQNMLSDPVTGLRRRPPLHLAAQTLMENPVSPDALFSTYIERGTDGRHLLINTEAGIWQILSKDATTLIRSGQADYLKASIGATSIQTASIAGLTYILNTEQTPVAHVDNTGKLNPANTGFFYIVASSFSKRWTITVQSNEGTWTAVHDVGASSDDGAVPAATASAVINSLKTNLLAAGMPSDKVDTFGSYMFIKGLTNVVVSSDAGTTYARWSNQSRVDEESDLPAQLPASANGCMCRVGAASTSATWYRFDYATRQWNEDSAYSSITKITNMPLEFAADDQIIPRDFEGRLAGDDENNEDPGFVENGYITGIAAFQGRLVLLSGSRVSMSASGLYQRFYRSTVVNLLDTDRIDIGAASAQDSVFRAALQFNRDLVVFGDSMQAVIAGNAVLTPTNASIALTSEFSCDSRVIPVVTGQTVLYASRRNSDYAGLLEFIPSAYTSSQYVSQDATVHLPRYIPGRVMDMQVSSVTNVAFFRYSGERTSVLVYEFLWGEDAKRAQGAYHKWVLPYDVLSLHTLSEAAYFFVRGPGAYVLALRVDPREGFVAGTTYEYPFMDMGAPVTVQGGQFTLPEHLRKAGLQDSIALAYYTGDDSGSELGIASISSNWVCTTVRGVPDGNYLAGYRFKSGTTLTPPMLKDQNDNLIGSGHVRLLRLDVAMRNSGVVDVLVEDNARDVDNDSEYSGVLMNSKELAPEQPLKASLSNIIIPCRTNTDTTEVTLSTSGTLEMNIMDVSYILRYNQRRRRV

Entity 4 polymer

描述 description	Gp44
分子量 formula_weight	28595.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,F

MAYSWSEQVVPSGTTLISVDIEYLDKSYIYLYINNVLISNSDYSWNSDTLIQLNTPMASAGTVLLVRRTDKEYLYIMFAEGAAFIRENLDVQNTQFLHLAQELVEGRSIDGFYGDLSMNGYRITHLADGVDPKDAVNKGQLDSVSNRVSSIENSFLGLTTVSYPWYTVVSADTDTFEPPFKFTKAALYIDGLCQVPDYSYVVVDNKLLLAESVPTGTVVFARLGEDTDAATEAATTTALAAVQADLQNQINALRALLQGG

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	24391

fit	/app/data/saxs_computation/es/8es4/8es4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/8es4/8es4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/8es4/8es4.dat

Focused reconstruction of HRP29 tail

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)