8es6

Crystal structure of an unusual amidase ClbL from colibactin gene cluster

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8es6
沉积日期 deposition_date	2022-10-13
结构标题 title	Crystal structure of an unusual amidase ClbL from colibactin gene cluster
关键词 keywords	Amidase, Colibactin, Cancer, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.61 Å
零角强度 I(0) i0	145059000.00
分子量 molecular_weight	94996.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118230 Å³
包络体积 envelope_volume	142560 Å³
水化壳体积 shell_volume	37935 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.27 Å
包络 Rg envelope_rg	31.71 Å
形状 Rg shape_rg	31.62 Å
总 Rg total_rg	32.08 Å
总原子数 total_atoms	6695
残基数 n_residues	856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	145100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8677
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.924 Å
晶胞边长 b length_b	56.372 Å
晶胞边长 c length_c	145.019 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.550 Å
R 因子 r_factor	0.2079
R_work r_work	0.2057
R_free r_free	0.2491

描述 description	Colibactin biosynthesis amidase ClbL
分子量 formula_weight	53784.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6969

Crystal structure of an unusual amidase ClbL from colibactin gene cluster

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

fit	/app/data/saxs_computation/es/8es6/8es6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/8es6/8es6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/8es6/8es6.dat