8esl

Bile Salt Hydrolase from a Bacteroidales species with covalent inhibitor bound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8esl
沉积日期 deposition_date	2022-10-14
结构标题 title	Bile Salt Hydrolase from a Bacteroidales species with covalent inhibitor bound
关键词 keywords	bile salt hydrolase, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.17 Å
零角强度 I(0) i0	248181000.00
分子量 molecular_weight	127260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158580 Å³
包络体积 envelope_volume	192650 Å³
水化壳体积 shell_volume	45492 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.74 Å
包络 Rg envelope_rg	35.16 Å
形状 Rg shape_rg	35.18 Å
总 Rg total_rg	35.56 Å
总原子数 total_atoms	8976
残基数 n_residues	1204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	248200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.639
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.908

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Choloylglycine hydrolase
分子量 formula_weight	37386.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8976

MCSRVIYKGTDSLTVVGRSLDWKTPIPTNLYVYPRGMTKKSSDAKGAFEWTSTYGAVYAVGYDGGITEGMNEMGLVINGLFCKGTVYNNGDTEGRPPMSLAVFVGWLLDMNATTQQCVDVLKEHNFSIGGATFDGGTVSALHWGITDSTGHSVVVEFDHGDIRIYEMGEYRAMTNDPNWPAMTAIIDYWDKIGGQNMLPGGVTSPSRCVRANYFAHHVKPTADPDLAVSITRSIVADASVPYTYMIEGEPNLSSTQWRSFADLKNLRYYFDIVTDSGIYYVDLTRLDLYPGAPVLKLDTSKATNLTGCANSHLKRSAPFTPMYENLYFQSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroidales
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	171549
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1R,3aS,3bR,5aR,7R,9aS,9bS,11aR)-1-[(2R)-6-fluoro-5-oxohexan-2-yl]-9a,11a-dimethylhexadecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-7-yl hydrogen sulfate (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	472.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.142 Å
晶胞边长 b length_b	66.812 Å
晶胞边长 c length_c	321.831 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	45.070 Å
R 因子 r_factor	0.2769
R_work r_work	0.2769
R_free r_free	0.3051

fit	/app/data/saxs_computation/es/8esl/8esl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/8esl/8esl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/8esl/8esl.dat

Bile Salt Hydrolase from a Bacteroidales species with covalent inhibitor bound

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)