8evd

Crystal Structure of Nanobody VHH101 Bound to Its Antigen PA14 Cif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8evd
沉积日期 deposition_date	2022-10-20
结构标题 title	Crystal Structure of Nanobody VHH101 Bound to Its Antigen PA14 Cif
关键词 keywords	Pseudomonas aeruginosa, nanobody VHH, immunoglobulin domain, CFTR inhibitory factor (Cif), IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.25 Å
零角强度 I(0) i0	1120920000.00
分子量 molecular_weight	278190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347730 Å³
包络体积 envelope_volume	461010 Å³
水化壳体积 shell_volume	82565 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.16 Å
包络 Rg envelope_rg	44.62 Å
形状 Rg shape_rg	46.26 Å
总 Rg total_rg	46.48 Å
总原子数 total_atoms	19650
残基数 n_residues	2512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.7 Å
Rg (实空间) rg_real	46.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1121000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.238
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.819

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nanobody VHH101
分子量 formula_weight	16206.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J
原子数 atom_count	20572

MAEVQLVESGGGLVQAGGSLRLTCAASAGSFRGYAMGWFRQAPGKEREFVAAVSVLTWSGDSTNIADSVKGRFTIFRDTAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNGASEIGALQSGASLWSWGQGTQVTVSSGQAGQHHHHHHGAYPYDVPDYAS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	CFTR inhibitory factor
分子量 formula_weight	34164.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H,K,L

AEEFPVPNGFESAYREVDGVKLHYVKGGQGPLVMLVHGFGQTWYEWHQLMPELAKRFTVIAPDLPGLGQSEPPKTGYSGEQVAVYLHKLARQFSPDRPFDLVAHDIGIWNTYPMVVKNQADIARLVYMEAPIPDARIYRFPAFTAQGESLVWHFSFFAADDRLAETLIAGKERFFLEHFIKSHASNTEVFSERLLDLYARSYAKPHSLNASFEYYRALNESVRQNAELAKTRLQMPTMTLAGGGHGGMGTFQLEQMKAYAEDVEGHVLPGCGHWLPEECAAPMNRLVIDFLSRGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	922

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	188.960 Å
晶胞边长 b length_b	91.990 Å
晶胞边长 c length_c	151.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	47.190 Å
R 因子 r_factor	0.1855
R_work r_work	0.1844
R_free r_free	0.2061

fit	/app/data/saxs_computation/ev/8evd/8evd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ev/8evd/8evd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ev/8evd/8evd.dat

Crystal Structure of Nanobody VHH101 Bound to Its Antigen PA14 Cif

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)