8ewt

Bile salt hydrolase A from Lactobacillus gasseri bound to covalent probe

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ewt
沉积日期 deposition_date	2022-10-24
结构标题 title	Bile salt hydrolase A from Lactobacillus gasseri bound to covalent probe
关键词 keywords	bile salt hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.63 Å
零角强度 I(0) i0	77321900.00
分子量 molecular_weight	71213.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89786 Å³
包络体积 envelope_volume	104050 Å³
水化壳体积 shell_volume	32723 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.07 Å
包络 Rg envelope_rg	26.98 Å
形状 Rg shape_rg	26.62 Å
总 Rg total_rg	27.43 Å
总原子数 total_atoms	5037
残基数 n_residues	641
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5618
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.167
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.655; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.127; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Conjugated bile salt hydrolase
分子量 formula_weight	35860.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5215

MCTGLRFTDDQGNLYFGRNLDVGQDYGEGVIITPRNYPLPYKFLDNTTTKKAVIGMGIVVDGYPSYFDCFNEDGLGIAGLNFPHFAKFSDGPIDGKINLASYEIMLWVTQNFTKVSDVKEALKNVNLVNEAINSSFAVAPLHWIISDKDEAIIVEVSKQYGMKVFDDKLGVLTNSPDFNWHLTNLGNYTGLDPHDATAQSWNGQKVAPWGVGTGSLGLPGDSIPADRFVKAAYLNVNYPTVKGEKANVAKFFNILKSVAMIKGSVVNKLGSDEYTVYTACYSAATKTYYCNFENDFELKTYKLDDETMNADKLITYHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus gasseri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1596
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(5R)-5-{(1R,3aS,3bR,5aR,7R,9aS,9bS,11aR)-9a,11a-dimethyl-7-[(prop-2-yn-1-yl)oxy]hexadecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-1-yl}-1-fluorohexan-2-one (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	430.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.440 Å
晶胞边长 b length_b	108.440 Å
晶胞边长 c length_c	161.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.1872
R_work r_work	0.1859
R_free r_free	0.2264

fit	/app/data/saxs_computation/ew/8ewt/8ewt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/8ewt/8ewt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/8ewt/8ewt.dat

Bile salt hydrolase A from Lactobacillus gasseri bound to covalent probe

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction