8exw

Drosophila melanogaster indirect flight muscle myosin II (subfragment-1)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8exw
沉积日期 deposition_date	2022-10-25
结构标题 title	Drosophila melanogaster indirect flight muscle myosin II (subfragment-1)
关键词 keywords	;Insect Muscle Myosin Powers Flight, Drosophila melanogaster, skeletal muscle myosin II, indirect flight muscle isoform, subfragment-1, Dmel, IFI, MOTOR PROTEIN ;; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.98 Å
零角强度 I(0) i0	174678000.00
分子量 molecular_weight	106350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132980 Å³
包络体积 envelope_volume	177700 Å³
水化壳体积 shell_volume	41899 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.91 Å
包络 Rg envelope_rg	39.89 Å
形状 Rg shape_rg	38.97 Å
总 Rg total_rg	39.10 Å
总原子数 total_atoms	14848
残基数 n_residues	933
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7335
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.778
峰度 Kurtosis kurtosis	0.119
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.454; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.586; Smooth: 0.583

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform K of Myosin heavy chain, muscle
分子量 formula_weight	91533.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15005

PKPVANQEDEDPTPYLFVSLEQRRIDQSKPYDSKKSCWIPDEKEGYLLGEIKATKGDIVSVGLQGGETRDLKKDLLQQVNPPKYEKAEDMSNLTYLNDASVLHNLRQRYYNKLIYTYSGLFCVAINPYKRYPVYTNRCAKMYRGKRRNEVPPHIFAISDGAYVDMLTNHVNQSMLITGESGAGKTENTKKVIAYFATVGASKKTDEAAKSKGSLEDQVVQTNPVLEAFGNAKTVRNDNSSRFGKFIRIHFGPTGKLAGADIETYLLEKARVISQQSLERSYHIFYQIMSGSVPGVKEMCFLSDNIYDYYNVSQGKVTVPNMDDGEEFQLADQAFDILGFTKQEKEDVYRITAAVMHMGGMKFKQRGREEQAEQDGEEEGGRVSKLFGCDTAELYKNLLKPRIKVGNEFVTQGRNVQQVTNSIGALCKGVFDRLFKWLVKKCNETLDTQQKRQHFIGVLDIAGFEIFEYNGFEQLCINFTNEKLQQFFNHIMFVMEQEEYKKEGINWDFIDFGMDLLACIDLIEKPMGILSILEEESMFPKATDQTFSEKLTNTHLGKSAPFQKPKPPKPGQQAAHFAIAHYAGCVSYNITGWLEKNKDPLNDTVVDQFKKSQNKLLIEIFADHAGQSGGGEQAKGGRGKKGGGFATVSSAYKEQLNSLMTTLRSTQPHFVRCIIPNEMKQPGVVDAHLVMHQLTCNGVLEGIRICRKGFPNRMMYPDFKMRYMILAPAIMAAEKVAKNAAGKCLEAVGLDPDMYRIGHTKVFFRAGVLGQMEEFRDERLGKIMSWMQAWARGYLSRKGFKKLQEQRVA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Myosin light chain alkali
分子量 formula_weight	17551.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADVPKREVENVEFVFEVMGSPGEGIDAVDLGDALRALNLNPTLALIEKLGGTKKRNEKKIKLDEFLPIYSQVKKEKEQGCYEDFIECLKLYDKEENGTMLLAELQHALLALGESLDDEQVETLFADCMDPEDDEGFIPYSPFLARMCDRPDQLK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.394 Å
晶胞边长 b length_b	126.806 Å
晶胞边长 c length_c	92.581 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.480 Å
R 因子 r_factor	0.1908
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2447

fit	/app/data/saxs_computation/ex/8exw/8exw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ex/8exw/8exw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ex/8exw/8exw.dat

Drosophila melanogaster indirect flight muscle myosin II (subfragment-1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)