SAXSdb — 8ezm

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ezm
沉积日期 deposition_date	2022-11-01
结构标题 title	Pfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-63
关键词 keywords	Pfs25, transmission-blocking vaccine, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.85 Å
零角强度 I(0) i0	35358900.00
分子量 molecular_weight	43715.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53853 Å³
包络体积 envelope_volume	69840 Å³
水化壳体积 shell_volume	23808 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.26 Å
包络 Rg envelope_rg	26.34 Å
形状 Rg shape_rg	25.81 Å
总 Rg total_rg	26.59 Å
总原子数 total_atoms	3047
残基数 n_residues	398
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8587
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4431000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.828; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	25 kDa ookinete surface antigen
分子量 formula_weight	20033.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3067

TGKVTVDTVCKRGFLIQMSGHLECKCENDLVLVNEETCEEKVLKCDEKTVNKPCGDFSKCIKIDGNPVSYACKCNLGYDMVNNVCIPNECKQVTCGNGKCILDTSNPVKTGVCSCNIGKVPNVQDQNKCSKDGETKCSLKCLKEQETCKAVDGIYKCDCKDGFIIDQESSICTGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Transmission-reducing antibody AS01-63, Single-chain Fv
分子量 formula_weight	28096.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

TGQVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFSFGSHDMSWVRQAPGKGLDWVAVIWYDGSKKYYADSVKGRFTISRDSSKKTLYLQMNTLRAEDTAVYYCARAAYDSRSLDYWGHGTLVTISSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSQPVLTQPPSASASLGASLSLTCTLSSAYSNYSVDWYQQRPGKGPRFVMRVGTGGIVRSKGDGIPDRFSVLASGLNRYLTIQNIQEEDESDYHCGADHGSGSNFLYVFGTGTKVTVLGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8ezmH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ezmH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.890 Å
晶胞边长 b length_b	84.710 Å
晶胞边长 c length_c	65.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	44.500 Å
R 因子 r_factor	0.2066
R_work r_work	0.2045
R_free r_free	0.2369

fit	/app/data/saxs_computation/ez/8ezm/8ezm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/8ezm/8ezm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/8ezm/8ezm.dat

Pfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-63

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)