8f0l

Crystal Structure of the Human T cell Receptor CD3(EPSILON) N-Terminal Peptide Complexed with ADI-26906 FAB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f0l
沉积日期 deposition_date	2022-11-03
结构标题 title	Crystal Structure of the Human T cell Receptor CD3(EPSILON) N-Terminal Peptide Complexed with ADI-26906 FAB
关键词 keywords	CD3 epsilon, antibody-antigen complex, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.91 Å
零角强度 I(0) i0	151088000.00
分子量 molecular_weight	95845.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119360 Å³
包络体积 envelope_volume	149460 Å³
水化壳体积 shell_volume	42334 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.04 Å
包络 Rg envelope_rg	28.56 Å
形状 Rg shape_rg	28.89 Å
总 Rg total_rg	29.73 Å
总原子数 total_atoms	13289
残基数 n_residues	844
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	151100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ADI-26906 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24121.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	14372

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGFNIKDYYMHWVRQAPGQRLEWMGWIDLENANTIYDAKFQGRVTITRDTSASTAYMELSSLRSEDTAVYYCARDAYGRYFYDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	ADI-26906 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	24035.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSLLNARTGKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCKQSYSRRTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子量 formula_weight	1362.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

QDGNEEMGGITQT

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	712

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8f0lB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8f0lB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8f0lL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8f0lL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.634 Å
晶胞边长 b length_b	53.084 Å
晶胞边长 c length_c	113.934 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	48.600 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1660
R_free r_free	0.1950

fit	/app/data/saxs_computation/f0/8f0l/8f0l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/8f0l/8f0l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/8f0l/8f0l.dat

Crystal Structure of the Human T cell Receptor CD3(EPSILON) N-Terminal Peptide Complexed with ADI-26906 FAB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)