8f13

Structure of the MDM2 P53 binding domain in complex with H103, an all-D Helicon Polypeptide, alternative C-terminus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f13
沉积日期 deposition_date	2022-11-04
结构标题 title	Structure of the MDM2 P53 binding domain in complex with H103, an all-D Helicon Polypeptide, alternative C-terminus
关键词 keywords	E3 ligase, D-peptide, stapled peptide, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.16 Å
零角强度 I(0) i0	3484260.00
分子量 molecular_weight	13778.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17594 Å³
包络体积 envelope_volume	19790 Å³
水化壳体积 shell_volume	12077 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.85 Å
包络 Rg envelope_rg	14.71 Å
形状 Rg shape_rg	14.12 Å
总 Rg total_rg	15.52 Å
总原子数 total_atoms	962
残基数 n_residues	95
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4840e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3484000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5881
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	0.073
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	629600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
分子量 formula_weight	11099.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1175

SQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVLFYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 2 polymer

描述 description	H103
分子量 formula_weight	1976.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(D)
链编号 strand_id	B

XDPAWYECLEAALLCQQVX

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8f13A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.286 Å
晶胞边长 b length_b	60.286 Å
晶胞边长 c length_c	84.897 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	42.450 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1744
R_free r_free	0.2078

fit	/app/data/saxs_computation/f1/8f13/8f13.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f1/8f13/8f13.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f1/8f13/8f13.dat

Structure of the MDM2 P53 binding domain in complex with H103, an all-D Helicon Polypeptide, alternative C-terminus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)