8f1v

;A benzimidazole (DB1476) sequence-specific recognition of 5'-CGCAAAAAAGCG-3' in B-orientation ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 46.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f1v
沉积日期 deposition_date	2022-11-06
结构标题 title	;A benzimidazole (DB1476) sequence-specific recognition of 5'-CGCAAAAAAGCG-3' in B-orientation ;
关键词 keywords	DNA, Minor groove binder, Minor groove, sequence recognition; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.85 Å
零角强度 I(0) i0	2858590.00
分子量 molecular_weight	7690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7585 Å³
包络体积 envelope_volume	9802 Å³
水化壳体积 shell_volume	7263 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.4 Å
壳层 Rg shell_rg	16.99 Å
包络 Rg envelope_rg	13.18 Å
形状 Rg shape_rg	12.71 Å
总 Rg total_rg	13.66 Å
总原子数 total_atoms	623
残基数 n_residues	24
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.2 Å
Rg (实空间) rg_real	13.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8590e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2859000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8617
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	209300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPAPAPAPAPAPAPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3689.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	637

CGCAAAAAAGCG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPTPTPTPTPTPTPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3635.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGCTTTTTTGCG

Entity 3 non-polymer

描述 description	4,4'-(1H-benzimidazole-2,6-diyl)di(benzene-1-carboximidamide)
分子量 formula_weight	354.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	25.030 Å
晶胞边长 b length_b	41.458 Å
晶胞边长 c length_c	64.004 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	25.330 Å
R 因子 r_factor	0.2823
R_work r_work	0.2772
R_free r_free	0.3251

fit	/app/data/saxs_computation/f1/8f1v/8f1v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f1/8f1v/8f1v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f1/8f1v/8f1v.dat

;A benzimidazole (DB1476) sequence-specific recognition of 5'-CGCAAAAAAGCG-3' in B-orientation ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)