8f2b

Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 148.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f2b
沉积日期 deposition_date	2022-11-07
结构标题 title	Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45
关键词 keywords	GPCR, amylin receptor, dual amylin and calcitonin receptor agonists, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.50 Å
零角强度 I(0) i0	306789000.00
分子量 molecular_weight	146880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	185240 Å³
包络体积 envelope_volume	248050 Å³
水化壳体积 shell_volume	50786 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.49 Å
包络 Rg envelope_rg	44.14 Å
形状 Rg shape_rg	43.54 Å
总 Rg total_rg	43.43 Å
总原子数 total_atoms	10329
残基数 n_residues	1273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	306600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7466
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.626
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.627; Smooth: 0.235

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子量 formula_weight	45683.4 kDa
突变 mutation	S54N, G226A, E268A, A366S, N271K, K274D, R280K, T284D, I285T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10360

MGCLGNSKTEDQRNEEKAQREANKKIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGAGESGKNTIVKQMRILHVNGFNGEGGEEDPQAARSNSDGEKATKVQDIKNNLKEAIETIVAAMSNLVPPVELANPENQFRVDYILSVMNVPDFDFPPEFYEHAKALWEDEGVRACYERSNEYQLIDCAQYFLDKIDVIKQADYVPSDQDLLRCRVLTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVASSSYNMVIREDNQTNRLQAALKLFDSIWNNKWLRDTSVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCAVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	38534.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	nanobody 35
分子量 formula_weight	15140.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	Llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Receptor activity-modifying protein 3
分子量 formula_weight	16896.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKRAGGCNETGMLERLPLCGKAFADMMGKVDVWKWCNLSEFIVYYESFTNCTEMEANVVGCYWPNPLAQGFITGIHRQFFSNCTVDRVHLEDPPDEVLIPLIVIPVVLTVAMAGLVVWRSKRTDTLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	pramlintide analogue San45
分子量 formula_weight	3968.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

KCNTATCATQRLANFLVHSSKNFGPILPPTNVGSNTYX

Entity 7 polymer

描述 description	Calcitonin receptor
分子量 formula_weight	58469.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDLEVLFQGPAAFSNQTYPTIEPKPFLYVVGRKKMMDAQYKCYDRMQQLPAYQGEGPYCNRTWDGWLCWDDTPAGVLSYQFCPDYFPDFDPSEKVTKYCDEKGVWFKHPENNRTWSNYTMCNAFTPEKLKNAYVLYYLAIVGHSLSIFTLVISLGIFVFFRSLGCQRVTLHKNMFLTYILNSMIIIIHLVEVVPNGELVRRDPVSCKILHFFHQYMMACNYFWMLCEGIYLHTLIVVAVFTEKQRLRWYYLLGWGFPLVPTTIHAITRAVYFNDNCWLSVETHLLYIIHGPVMAALVVNFFFLLNIVRVLVTKMRETHEAESHMYLKAVKATMILVPLLGIQFVVFPWRPSNKMLGKIYDYVMHSLIHFQGFFVATIYCFCNNEVQTTVKRQWAQFKIQWNQRWGRRPSNRSARAAAAAAEAGDIPIYICHQELRNEPANNQGEESAEIIPLNIIEQESSAPAGLEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-hexadecanoyl-L-glutamic acid
分子量 formula_weight	385.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 11 non-polymer

描述 description	(2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	766.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8f2bB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8f2bN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	518000

fit	/app/data/saxs_computation/f2/8f2b/8f2b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/8f2b/8f2b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/8f2b/8f2b.dat

Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)