Antibody Fab directed against SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain (RBD)

条目编号 entry_id	8f2t
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Antibody Fab directed against SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain (RBD)
关键词 keywords	Antibody, Fab fragment, Immunoglobulin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.74 Å
零角强度 I(0) i0	35990700.00
分子量 molecular_weight	45712.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56929 ų
包络体积 envelope_volume	69737 ų
水化壳体积 shell_volume	24621 ų
包络直径 envelope_diameter	75.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.51 Å
包络 Rg envelope_rg	23.43 Å
形状 Rg shape_rg	23.74 Å
总 Rg total_rg	24.55 Å
总原子数 total_atoms	3220
残基数 n_residues	430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	75.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9144
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.547
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8101000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.968

晶胞参数 Unit Cell

晶胞边长 a length_a	93.941 Å
晶胞边长 b length_b	60.868 Å
晶胞边长 c length_c	73.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

对称性 Symmetry

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

精修参数 Refinement

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	28.340 Å
R 因子 r_factor	0.2078
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2567

衍射实验 Diffraction

实验温度 temperature

100.0 K

Files (7)

• pr_distribution /app/data/pr_computation/f2/8f2t/pr_distribution.json
• pr_output /app/data/pr_computation/f2/8f2t/8f2t.pr.out
• pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/f2/8f2t/8f2t_pr_distribution.png
• saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t.dat
• saxs_fit /app/data/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t.fit
• saxs_log /app/data/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t.log
• saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t_saxs_profile.png

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/8f2t/8f2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/8f2t/8f2t.dat