8f69

Crystal structure of murine PolG2 dimer bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f69
沉积日期 deposition_date	2022-11-16
结构标题 title	Crystal structure of murine PolG2 dimer bound to DNA
关键词 keywords	DNA Complex, PolG accessory subunit, mitochondria, mtDNA, processivity factor, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.51 Å
零角强度 I(0) i0	187562000.00
分子量 molecular_weight	102790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125930 Å³
包络体积 envelope_volume	161690 Å³
水化壳体积 shell_volume	43861 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.93 Å
包络 Rg envelope_rg	30.72 Å
形状 Rg shape_rg	30.42 Å
总 Rg total_rg	31.37 Å
总原子数 total_atoms	7193
残基数 n_residues	850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	187600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6938
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.267
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.096; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48229.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7352

SNGEHAVAREALVDLCRRRHFLSGTPQQLSTAALLSGCHARFGPLGVELRKNLASQWWSSMVVFREQVFAVDSLHQEPGSSQPRDSAFRLVSPESIREILQDREPSKEQLVAFLENLLKTSGKLRATLLHGALEHYVNCLDLVNRKLPFGLAQIGVCFHPVSNSNQTPSSVTRVGEKTEASLVWFTPTRTSSQWLDFWLRHRLLWWRKFAMSPSNFSSADCQDELGRKGSKLYYSFPWGKEPIETLWNLGDQELLHTYPGNVSTIQGRDGRKNVVPCVLSVSGDVDLGTLAYLYDSFQLAENSFARKKSLQRKVLKLHPCLAPIKVALDVGKGPTVELRQVCQGLLNELLENGISVWPGYSETVHSSLEQLHSKYDEMSVLFSVLVTETTLENGLIQLRSRDTTMKEMMHISKLRDFLVKYLASASNV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPGPGPTPAPGPGPCPGPCPCPTPAPCPCPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5517.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

CTGGTAGGCGCCTACCAG

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.027 Å
晶胞边长 b length_b	88.027 Å
晶胞边长 c length_c	343.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.630 Å
R 因子 r_factor	0.1949
R_work r_work	0.1939
R_free r_free	0.2283

fit	/app/data/saxs_computation/f6/8f69/8f69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/8f69/8f69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/8f69/8f69.dat

Crystal structure of murine PolG2 dimer bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)