8f6b

Crystal structure of murine PolG2 hexamer bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f6b
沉积日期 deposition_date	2022-11-16
结构标题 title	Crystal structure of murine PolG2 hexamer bound to DNA
关键词 keywords	DNA Complex, PolG accessory subunit, mitochondria, mtDNA, processivity factor, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.81 Å
零角强度 I(0) i0	1346050000.00
分子量 molecular_weight	292910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	361900 Å³
包络体积 envelope_volume	503320 Å³
水化壳体积 shell_volume	90203 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.05 Å
包络 Rg envelope_rg	44.15 Å
形状 Rg shape_rg	44.80 Å
总 Rg total_rg	45.13 Å
总原子数 total_atoms	20548
残基数 n_residues	2526
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.6 Å
Rg (实空间) rg_real	45.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1346000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.104
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.575
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	242800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	PolG2
分子量 formula_weight	51200.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	20672

MWLSGYAGPADGTQQPDAPEHAVAREALVDLCRRRHFLSGTPQQLSTAALLSGCHARFGPLGVELRKNLASQWWSSMVVFREQVFAVDSLHQEPGSSQPRDSAFRLVSPESIREILQDREPSKEQLVAFLENLLKTSGKLRATLLHGALEHYVNCLDLVNRKLPFGLAQIGVCFHPVSNSNQTPSSVTRVGEKTEASLVWFTPTRTSSQWLDFWLRHRLLWWRKFAMSPSNFSSADCQDELGRKGSKLYYSFPWGKEPIETLWNLGDQELLHTYPGNVSTIQGRDGRKNVVPCVLSVSGDVDLGTLAYLYDSFQLAENSFARKKSLQRKVLKLHPCLAPIKVALDVGKGPTVELRQVCQGLLNELLENGISVWPGYSETVHSSLEQLHSKYDEMSVLFSVLVTETTLENGLIQLRSRDTTMKEMMHISKLRDFLVKYLASASNVAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPGPGPTPAPGPGPCPGPCPCPTPAPCPCPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5517.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H,I,J

CTGGTAGGCGCCTACCAG

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.224 Å
晶胞边长 b length_b	116.224 Å
晶胞边长 c length_c	250.938 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	38.040 Å
R 因子 r_factor	0.1966
R_work r_work	0.1961
R_free r_free	0.2215

fit	/app/data/saxs_computation/f6/8f6b/8f6b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/8f6b/8f6b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/8f6b/8f6b.dat

Crystal structure of murine PolG2 hexamer bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)