8f73

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa UDP-glucose phosphorylase in complex with UDP-glucose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f73
沉积日期 deposition_date	2022-11-17
结构标题 title	Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa UDP-glucose phosphorylase in complex with UDP-glucose
关键词 keywords	UGP, UDP-Glucose pyrophosphorylase, UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.37 Å
零角强度 I(0) i0	905824000.00
分子量 molecular_weight	250800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	314970 Å³
包络体积 envelope_volume	448230 Å³
水化壳体积 shell_volume	82954 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.4 Å
壳层 Rg shell_rg	51.32 Å
包络 Rg envelope_rg	42.21 Å
形状 Rg shape_rg	43.39 Å
总 Rg total_rg	43.66 Å
总原子数 total_atoms	35160
残基数 n_residues	2202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	906100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.044
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	138600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.861

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
分子量 formula_weight	31824.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	35262

ALVPRGSIKKCLFPAAGYGTRFLPATKAMPKEMLPVVNKPLIQYAVEEALEAGLSEIGIVTGRGKRSLEDHFDISYELEHQIRNTDKEKYLVGIRRLIDECTFAYTRQVEMKGLGHAILTGRPLIGDEPFAVVLADDLCLNLEGDSVLKQMVKLYNQFRCSIVAIQEVPPEETNKYGVIAGEMIRDDIFRVNTMVEKPKPEEAPSNLAIIGRYILTPDIFDLIEQTEPGKGGEIQITDALMKQAQDGCVLAYKFKGKRFDCGSAEGYIEATNFCYENLYKTGKAH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE
分子量 formula_weight	566.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.715 Å
晶胞边长 b length_b	114.847 Å
晶胞边长 c length_c	155.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.980 Å
R 因子 r_factor	0.1968
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2357

fit	/app/data/saxs_computation/f7/8f73/8f73.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/8f73/8f73.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/8f73/8f73.dat