8f7z

VRC34.01_mm28 bound to fusion peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f7z
沉积日期 deposition_date	2022-11-21
结构标题 title	VRC34.01_mm28 bound to fusion peptide
关键词 keywords	FP-NEUTRALIZING ANTIBODY, FUSION PEPTIDE, HIV-1, GLYCOPROTEIN, VIRAL PROTEIN, FP-TARGETING VACCINES; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.39 Å
零角强度 I(0) i0	511079000.00
分子量 molecular_weight	183910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	229770 Å³
包络体积 envelope_volume	324540 Å³
水化壳体积 shell_volume	66516 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.09 Å
包络 Rg envelope_rg	40.50 Å
形状 Rg shape_rg	41.38 Å
总 Rg total_rg	41.70 Å
总原子数 total_atoms	12968
残基数 n_residues	1696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	511100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6654
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.820

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 Env Fusion Peptide
分子量 formula_weight	718.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,L,M
原子数 atom_count	13314

AVGTIGAM

Entity 2 polymer

描述 description	VRC34_mm28 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25091.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,C,G

QKVLVQSGAEVKKPGASVKVSCRAFGYTFTGNPLHWVRQAPGQGLEWLGWINPHSGDTFTSQKFQGRVYMTRDKSINTAFLDVTRLTSDDTGIYYCARDKYYGNEAVGMDVWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	VRC34_m228 Light Chain
分子量 formula_weight	23371.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,D,H

DIQLTQSPSFLSASVGDKVTITCRASQGVRNELAWYQQKPGKAPNLLIYYASTLQSGVPSRFSATGSGTHFTLTVSSLQPEDFATYFCQHMSSYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	346

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.850 Å
晶胞边长 b length_b	130.554 Å
晶胞边长 c length_c	130.589 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	36.220 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2105
R_free r_free	0.2428

fit	/app/data/saxs_computation/f7/8f7z/8f7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/8f7z/8f7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/8f7z/8f7z.dat

VRC34.01_mm28 bound to fusion peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)