8f92

HIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_d77.7 mouse Fab and RM20A3 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 198.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f92
沉积日期 deposition_date	2022-11-23
结构标题 title	HIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_d77.7 mouse Fab and RM20A3 Fab
关键词 keywords	mouse antibody, germline targeting, HIV-1, vaccine design, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.42 Å
零角强度 I(0) i0	1849360000.00
分子量 molecular_weight	354530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	441230 Å³
包络体积 envelope_volume	651060 Å³
水化壳体积 shell_volume	95498 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.9 Å
壳层 Rg shell_rg	57.07 Å
包络 Rg envelope_rg	57.69 Å
形状 Rg shape_rg	58.46 Å
总 Rg total_rg	58.24 Å
总原子数 total_atoms	24882
残基数 n_residues	3063
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.4 Å
Rg (实空间) rg_real	58.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1850000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8793
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.761

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	BG505_MD39_B11 gp120
分子量 formula_weight	54126.5 kDa
突变 mutation	BG505_MD39_B11 SOSIP mutations
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,F
原子数 atom_count	24882

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYTPNLTSMMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTPVQINCTRPNNNTVKSIRIGPGQAFYYTGDIIGDIRMAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12721
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM20A3 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J,K

EVQLVETGGGLVQPGGSLKLSCRASGYTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSLINDRGGLTFYVDSVKGRFTISRDNSKNTLSLQMHSLRDGDTAVYYCATGGMSSALQSSKYYFDFWGQGALVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	RM20A3 Fab light chain
分子量 formula_weight	13508.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,M,N

ALTQPPSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGSYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTQRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCSAYAGRQTFYIFGGGTRLTVLGQPKASPTVTLFPPSSEEL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	BG505_MD39_B11 gp41
分子量 formula_weight	18250.5 kDa
突变 mutation	BG505_MD39_B11 SOSIP mutations
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,I

AVGIGAVSLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12721
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	B11_d77.7 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	14061.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,O,P

QVQLQESGPGLVQPSGTLSLTCAVSGDSISSNNWWTWVRQPPGKGLEWIGEIYQSGITKYNPSLKSRVSTSVDKSKNQFSLRLSSVTAADTAVYYCARSAISIFGVVVLGEYYYNGMDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	B11_d77.7 Fab kappa light chain
分子量 formula_weight	11761.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q,R

DIQMTQSPASQSVSVGETVTITCRVSENIYSHLAWYQQKQGKSPQLLVYGATNLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINNLQSEDFGSYYCQHFWDAPYTFGGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	45

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	129821

fit	/app/data/saxs_computation/f9/8f92/8f92.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/8f92/8f92.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/8f92/8f92.dat

HIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_d77.7 mouse Fab and RM20A3 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 branched

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)