8f9x

Cyclase-Phosphotriesterase from Ruegeria pomeroyi DSS-3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f9x
沉积日期 deposition_date	2022-11-24
结构标题 title	Cyclase-Phosphotriesterase from Ruegeria pomeroyi DSS-3
关键词 keywords	cyclase, phosphotriesterase, organophosphates, OP-hydrolase, Zn-dependent enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.91 Å
零角强度 I(0) i0	951548000.00
分子量 molecular_weight	246560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	303640 Å³
包络体积 envelope_volume	412190 Å³
水化壳体积 shell_volume	70276 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.9 Å
壳层 Rg shell_rg	51.69 Å
包络 Rg envelope_rg	49.17 Å
形状 Rg shape_rg	49.97 Å
总 Rg total_rg	49.79 Å
总原子数 total_atoms	17282
残基数 n_residues	2274
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	951000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6338
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.495
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5990
最高正则化参数 α highest_alpha	93810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 0.887; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.391

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclase family protein
分子量 formula_weight	24266.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	17432

MAGIGEVRDMTHVYDADFPTYFGAPGIEAVQNFNFKEHGFNLFTLTLNEHTGTHVDAPLHFSADGQSVDEIPVGNLVCPLCVVHIHEKAAADADAQVTPDDLKAWISAHGPIPDGACVAMHSGWAGKTGGAGYRNADSEGKMHFPGFHVEAAQMLIEETGAVAMAVDTLSLDHGPSADFATHYAWLPTNRYGIENLANLDKVPASGATLIVGAPNHRGGSGGPARIFAMV

来源 Source

来源生物 organism	Ruegeria pomeroyi DSS-3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246200
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.080 Å
晶胞边长 b length_b	68.080 Å
晶胞边长 c length_c	446.501 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	34.040 Å
R 因子 r_factor	0.2351
R_work r_work	0.2192
R_free r_free	0.2529

fit	/app/data/saxs_computation/f9/8f9x/8f9x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/8f9x/8f9x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/8f9x/8f9x.dat