8f9z

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-14204, an HIV-1 gp120 antagonist

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f9z
沉积日期 deposition_date	2022-11-25
结构标题 title	Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-14204, an HIV-1 gp120 antagonist
关键词 keywords	HIV-1, NBD-14204, small molecules, CD4-gp120 binding inhibitor, antagonist, VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex; VIRAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.74 Å
零角强度 I(0) i0	28278200.00
分子量 molecular_weight	39752.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49342 Å³
包络体积 envelope_volume	58832 Å³
水化壳体积 shell_volume	23354 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.83 Å
包络 Rg envelope_rg	21.03 Å
形状 Rg shape_rg	20.71 Å
总 Rg total_rg	21.71 Å
总原子数 total_atoms	5486
残基数 n_residues	339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5586000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.977

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 gp120 core
分子量 formula_weight	39160.4 kDa
突变 mutation	V1/V2, V3 deletion, H375S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5763

VWKDADTTLFCASDAKAHETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMQEDVISLWDQSLQPCVKLTGGSVIKQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSENLTNNAKTIIVHLNKSVEINCTRPSNGGSGSGGDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHSFNCRGEFFYCNTTQLFNNTCIGNETMKGCNGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFRPGGGNIKDNWRSELYKYKVVQIE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	(5M)-N-{(1S)-2-amino-1-[5-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl}-5-[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-1H-pyrrole-2-carboxamide
分子量 formula_weight	411.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	277

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8f9zA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.196 Å
晶胞边长 b length_b	67.592 Å
晶胞边长 c length_c	87.907 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	36.440 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1826
R_free r_free	0.2164

fit	/app/data/saxs_computation/f9/8f9z/8f9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/8f9z/8f9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/8f9z/8f9z.dat