8far

Accurate computational design of genetically encoded 3D protein crystals

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8far
沉积日期 deposition_date	2022-11-28
结构标题 title	Accurate computational design of genetically encoded 3D protein crystals
关键词 keywords	DE NOVO DESIGN, genetically encoded, 3D protein crystals, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.46 Å
零角强度 I(0) i0	20215600.00
分子量 molecular_weight	36649.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47022 Å³
包络体积 envelope_volume	56192 Å³
水化壳体积 shell_volume	20676 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.55 Å
包络 Rg envelope_rg	24.73 Å
形状 Rg shape_rg	24.41 Å
总 Rg total_rg	25.32 Å
总原子数 total_atoms	2577
残基数 n_residues	339
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6344
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.534
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.262
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5471000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.137; Positv: 1.000; Valcen: 0.649; Smooth: 0.977

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	I432-1-CC
分子量 formula_weight	16107.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2577

MALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAKAYAEAIKLDPSDAEAAKELGKVLEKLGQLELAERAYQLAIELDPNDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	I432-1-CC
分子量 formula_weight	23143.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKMEELFKKHKIVAVLRANSVEEAKEKALAVFRGGVHLIEITFTVPDADTVIKELSFLKEKGAIIGAGTVTSLEQCQKAVESGAEFIVSPHLDPEISKFCKINGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVNDQNVCEWFKAGVLAVGVGSALVKGTPEQVEMLAVLFVAKIAGCTELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	234.241 Å
晶胞边长 b length_b	234.241 Å
晶胞边长 c length_c	234.241 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	211
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.660 Å
最低分辨率 resolution_low	82.820 Å
R 因子 r_factor	0.1974
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/fa/8far/8far.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/8far/8far.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/8far/8far.dat

Accurate computational design of genetically encoded 3D protein crystals

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)