8fbm

Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fbm
沉积日期 deposition_date	2022-11-29
结构标题 title	Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 1
关键词 keywords	;NMT, inhibitor, Myristoyl-CoA, MyrCoA, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.36 Å
零角强度 I(0) i0	161919000.00
分子量 molecular_weight	103810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130870 Å³
包络体积 envelope_volume	159810 Å³
水化壳体积 shell_volume	42910 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.14 Å
包络 Rg envelope_rg	30.59 Å
形状 Rg shape_rg	30.33 Å
总 Rg total_rg	31.16 Å
总原子数 total_atoms	14508
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	161900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8863
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.331
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
分子量 formula_weight	50717.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15842

GPGSKPHKFWNTQPVVQNDDSSSEYSFGPIEIEPDSFRKEIYKLPDGFSWFDCNLWDIESQDFEDTYQLLKDHYVEDDDSQFRFNYSKEFLRWALCVPGQKKNWLVGVRVNETKKMVGFISAIPIKVRIHNCIMNTSVVNFLCVHKKLRSKRLAPVLIKEITRRIRCEKIFQSIYTCGKNITKPFTIGTYWHRIINVKKLLEAGFIGIPRNMTMSSLIKYHRIPADKRIEGFRPSVDSDAEQICKLFENYFMKYKDVSNETMNNLINYDEINHSKELGKQAYMKLDKIEDLQDKITIHQCFNVEDVKHYFTNIDKVIVTYVRENKNKEITDLFSFFIIESTVINNERFPTINIAYSYFNIANTCSLKELFNEMLITAKNNNCDAFNTLDLMQNLQVIQDSKFIIGTGRLRYYVFNWKIPQISPSNVGIILF

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	353152
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRADECANOYL-COA
分子量 formula_weight	977.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-chloro-5-[ethyl(phenyl)sulfamoyl]-N-[2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]benzamide
分子量 formula_weight	498.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	929

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8fbmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

结构域编号 domain_id	8fbmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.036 Å
晶胞边长 b length_b	88.332 Å
晶胞边长 c length_c	98.322 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.790 Å
R 因子 r_factor	0.1497
R_work r_work	0.1476
R_free r_free	0.1898

fit	/app/data/saxs_computation/fb/8fbm/8fbm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fb/8fbm/8fbm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fb/8fbm/8fbm.dat